在機關方面，代表立法院的訴訟代理人林心惠說，當初制定《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》時有討論過，轉型正義重點在撫平已經發生的傷痛，「不要太過於咎責，以免產生新的傷害。」
洪文浚：個案的不正義可能有很多原因
機關方訴訟代理人洪文浚指出，個案的不正義可能有很多原因造成，不一定是法律違憲，戒嚴時期有《戒嚴法》可依循，那些案件由軍事審判也是依該法第8條，以今天的角度往回看，也許會覺得程序有疑義，認為軍事審判不恰當，不過如果這樣，行政機關在戒嚴時期對人民的裁罰是否也不當，基於不法國家原則而一味推翻國家當時的所有措施，對社會安定性造成很大的破壞。
師大台灣史研究所教授范燕秋及台灣大學國發所博士生王宗偉受邀擔任法庭之友。范燕秋說明原住民族白色恐怖事件，源於國共為了爭奪原住民族的忠誠，有效掌控原住民族的社會而讓原住民族成為犧牲品；王宗偉從中共解放第2戰線的角度，說明李媽兜是中共間諜的事實，當時的程序難謂未達最低限度程序保障的要求。
許玉秀說，每次模憲籌備都3個月，這次花半年以上。本屆模憲有包括南非憲法法院前大法官葛斯東（Richard Goldstone）、澳洲犯罪學及國際刑法專家卡爾史戴特（Susanne Karstedt）、智利憲法學講座教授科索（Javier Couso）和波蘭現任大法官祖比克（Marek Zubik）等4位國際法學者參與，並提供鑑定意見。
