不過，行政院方面認為，未登工廠「合法化」的期限，如果只是延長10年，10年後問題恐怕一樣沒解決，因此行政院方面，目前傾向針對目前已完成補登之7400工廠發給「特殊執照」。
經濟部傾向發「特殊執照」、收回饋金
據了解，臨登工廠要取得「特殊執照」，必須按照農地面積，支付一筆「回饋金」，「特殊執照」未來要過渡到合法的「使用執照」，必須符合一定條件，經濟部官員表示，為了符合「農地農用」精神，臨登工廠繳納的「回饋金」，將由農委會成立特種基金專款專用在農地保護用途。
官員表示，如果以除罪的角度，「特殊執照」的取得可以分成2個階段，第一階段類似「假釋」待遇，取得後只能獲得局部自由，第二階段則是獲得地目變更、出獄除罪；由於農地工廠的地目變更為「丁種建地」，涉及到隔離綠帶的回饋與污水集中處理問題，牽涉到土地管制等法規，「目前，內政部、農委會並不是很認同經濟部版本。」
經濟部官員強調，農地工廠要變更為丁種建地，廠商必須繳納「土地公告現值的5成」給農業單位，對於目前爭取「就地合法」的業者來說，成本其實並不便宜。因此，經濟部對於目前分散於農地的工廠，仍然是以輔導它們到鄰近工業區設廠為原則，不過，農地工廠的遷移，必須考量到勞工的生計，有些農地工廠之所以在當地設立，是因為當地具備產業群聚效果，遷到別的地方，不僅工人無法配合遷移，原本的供應鏈也會發生「斷鏈」。
「已經建為工廠的農地，要再恢復農用，已經很困難，政府若徵收其他地區農地，開發新的工業區，對整體農地反而是『雙重傷害』，因此，經濟部會在對整體農地影響最小情況下，推動未登工廠合法化。」官員強調，經濟部與各縣市政府，不會允許未登工廠佔地的行為，縣市政府未來會對農地工廠嚴加管制，已輔導遷入合法工業區之廠商，原來的農地工廠一定會要求停止生產。
