但當時以黃河黃泛區之阻隔，武漢和華北通路斷絕，軍需兵力必需以日本海軍及船舶運送，轉送兵力不便，駐紮武漢的日軍各部已成為滲入中國內陸的一支孤軍，作用有限。除了消耗戰力、兵力以外，以武漢軍西侵不能攻破三峽天險，南進不足以越湖南、廣西、貴州千里奔襲工入四川的時戰經驗觀察，這支駐屯於華中的日軍部隊只有誇耀性的功能，而無法實質上進行有戰略意義的軍事行動。」（註十）也因為黃泛區的有效阻擋，日軍直到1944年的「豫湘桂戰役」（日方稱之為「一號作戰」或「大陸打通作戰」）後，才攻入新黃河以西地區，佔領河南中西部。
而花園口決堤也為後來國共內戰帶的結局來了意想不到變化，英國牛津大學中國史教授穆盛博（Micah Muscolino，哈佛大學歷史博士）在他所寫的《中國的戰爭生態學：河南、黃河及其他（1938～1950）》有一段敘述很特別：「1946年，聯總（聯合國善後救濟總署／UNRRA）開始計畫修復花園口缺口，同時引挖水渠迫使黃河回到故道（參見附註說明3）。但中國國內軍事和政治形勢使工程變得政治化。是年，黃河成為國民黨和共產黨在華北的分界線。中共控制了黃河北岸，包括黃河1938年改道前的河道，因此要求相應的糧食和資金補助，以重新岸置已經在黃河故道安家的40萬居民。黃河再一次成為國民黨打擊對手的軍事資源：國軍從政府處接手工程，1947年初，在沒有事先通知各方的情況下完成了花園口堵口工程，迫使黃河重回故道，淹沒了500多個村莊，十多萬人無家可歸。
堵口工程本身為河南災民提供了急需的工作和食糧，對河南農業帶來的好處也顯而易見。至1947年夏天，80％的原黃泛區成為耕田。黃河重歸故道後，河南人口增加，農業復甦，戰略重要性凸顯，國共雙方對河南的爭奪也日趨激烈。隨著黃河的再次改道，國共之間的天然屏障愈來愈窄。1947年，雙方在河南開始短兵相接，小規模戰鬥爆發，雙方開始向當地徵糧、徵兵。共產黨稅收本來就低於國民黨，而泛黃區大量的無主土地和混換的土地使用權極大地便利了共產黨重新分配土地的政策，吸引難民加入；國民黨與農民的關係則愈來愈緊張，很多人轉向支持共產黨。
1949年，共產黨在國共內戰中取得了最終的勝利。到1950年代，黃河泛黃區人口已經恢復，西華、扶溝等地的糧食產量超越戰前，但河南的生態環境持續惡化。黃河留下的淤泥質地不同、深度不同，需要制定不同的耕作策略。每到冬天和春天，新沉積土容易受風患。黃河淤泥也堵塞了淮河的支流，沖毀了數百公里的堤壩，使該的生態脆弱。治理淮河和建立大面積的防風帶將成為共產黨日後艱巨的工程，其影響一直持續到1958年的大躍進。至此，戰爭中河南的故事告一段落。」（註十一）
