政府付「基本款」價格、民眾自付「進階版」高價新醫療材料的「差額」，這種所謂的「差額負擔」政策，應用範圍最廣的當屬健保給付，健保署自1995年開始開放義肢、心律調節器差額負擔，2006年開始更大規模開放血管塗藥支架、陶瓷人工髖關節、人工水晶體等，但健保醫材屬個人醫療品質與健康促進，和疫苗的公共衛生、群體保護效力有本質上的重大差異，到底疫苗適不適合開放差額負擔？台灣社會要形成共識顯然還有長路要走。
疾病管制署預防接種諮詢小組（ACIP）召集人、台大小兒感染科醫師李秉穎表示，疾病負擔大的應該優先列為公費常規疫苗的項目，例如小兒口服輪狀病毒疫苗，就會比老人肺炎鏈球菌疫苗從舊款 23 價多醣體疫苗、改打新型13 價結合型疫苗來的效益更高，同樣的道理也適用於開放疫苗差額負擔，差額負擔的好處是讓民眾更珍惜疫苗，因為當疫苗完全公費的時候民眾往往視為理所當然，台灣的健保就是很好的例子，只要曾經在國外就醫，就能感受到只是小病就心痛死了、大病甚至傾家蕩產的切身之痛；但開放疫苗差額負擔的壞處是接種率會降低。
李秉穎認為新疫苗、貴疫苗，有不同型別的疫苗比較具有開放差額負擔的可能性，例如預防子宮頸癌的人類乳突病毒疫苗（human papillomavirus vaccine），目前政府從去年底開始全面針對國中女生施打公費二價 HPV 疫苗，政府公費給二價，民眾若要四價、九價等更多型別病毒的疫苗保護，則政府一樣付二價的錢，不管是民眾自付差額，或是地方縣市政府加碼補助差額，都比現在「全有或全無」好，李秉穎甚至直言「現在這樣全有或全無很愚蠢」。
要四價給二價 想「升等」請差額自負
李秉穎認為，疾管署一直以「差額負擔用在這邊不合法」，甚至搬出健保法規解釋，或是以推行疫苗差額負擔將使得全國性預防接種資訊管理系統（NIIS）大改版、增加第一線預防接種人員登錄及申報工作的負擔等理由認為實務上不可行，但最近僵局似有轉機，李秉穎在 ACIP 反駁「柯P決定以後，台北市 4 個月就做好了，誰說違法、誰說不可行的，他們才沒話講」，李秉穎認為，包括疾管署署長周志浩在內的主要負責主管，對開放疫苗差額負擔似乎已有向前跨出一小步。
對此疾管署署長周志浩卻還是強調，疫苗開放差額負擔的最重要問題在於行政成本太高，以現有的人力根本不可能做到，而站在防疫機關的立場，最重要的指標是施打率，施打率變低等於是整個社會因此付出的代價，周志浩強調這也是為何疾管署對開放疫苗差額負擔非常慎重的原因，而且即使要實施，周志浩認為也應從新增加的疫苗考慮。
周志浩補充說道，「台灣差異很大、台北差異很小」，偏鄉或是經濟弱勢的族群，反而才是最需要疫苗、最需要政府保護的人，但這群人卻也是無力負擔差額的族群，如果弱勢走補助的福利路線則牽涉到排富的認定、以及系統的運作成本更趨複雜等問題，對一個診所或是衛生所來說，變成除了打針，還要申報差額負擔、還要收錢等一大堆隨之而來的工作，只有實際操作過的人才明白第一線的辛苦和困難，必須考量不同層級、不同區域、服務提供者、被服務對象等各方面的配合度，否則原本立意良善的政策甚至可能因此導致執行成果不如預期。
直言「我賭不起預防接種率降低」的周志浩認為，預防接種率降低是最直接的健康促進倒退，因此開放疫苗差額負擔從來都不只是財務上的考量而已，甚至坦言「台灣的發展及社會資源，應有能力負擔每年3、40 億元的疫苗支出」，與其勞師動眾做差額負擔讓民眾付錢，還不如把力氣花在籌措國家疫苗基金財源上。
行政成本太大 還不如公務預算埋單
一直以來對開放疫苗差額負擔持反對意見的衛生福利部部長陳時中則反問，「開放差額補到了誰？」他認為只是補到有錢人而已，但對有錢人來說，政府幫忙出的「基本價」一點都沒差，但對窮人卻形成一種相對剝奪感，也會對公費造成「為什麼還留在基本款的壓力」，以終為始的關鍵其實是疫苗的精神本身就沒有差額的問題，因為疫苗是一體性的群體共同保護效果，但沒有辦法做到「絕對值」的時候，他也只能無奈地把差額的可能性放進選項裡，陳時中強調每一種政策都值得評估可行性，甚至以他自己為例，自陳到去年以前都是所謂的「相當的反對者」，但經過這段時間之後，又覺得這是不得不惡，所以現在對差額負擔的「不贊成度」沒有那麼高。
陳時中也感嘆，政府大規模的政策很難一刀切，站在讓民眾珍惜資源的立場他的贊成度是五五%，但若是站在節省經費的角度則會低到只剩三成。立法院衛生環境委員會召委、原為台大醫院門診部主任邱泰源則認為，「政府的政策跟不上現在的醫學進步」、「可以考慮開放差額但要保障弱勢」，窮人沒辦法負擔差額的問題一定要小心處理。
台大公衛學院副院長、台灣疫苗成本效益分析專家陳秀熙認為，台灣民眾確實有「付錢才覺得這是好東西」的心理，差額負擔其實換個角度、也能吸引民眾多去打公費疫苗，但陳秀熙有更另類的手段，建議應該用「疫苗券」，政府給你公益禮券，票面的效期到了還不去打就會失效，名額就會收回來、讓其他人打，都會區就用手機 App 線上刷代碼，非都會區就發實體票券，既能擴大誘因也能因地制宜，陳秀熙感嘆與其發消費券、夜市券，不如發疫苗券，甚至國民旅遊卡也應該開放適用在打疫苗上，而且民眾差額負擔打的疫苗一樣能增加群體保護效力，在群體疫苗接種率超過七成才有公衛顯著意義的門檻下，開放差額負擔也是一種策略。
疫苗差額負擔的論戰各有說法，近年來動輒數百萬元的高價癌症免疫治療也積極尋求納入健保，但在健保財務無力負擔的情況下、差額負擔也變成各方討論的選項之一，導致疫苗開放差額與否除了本身的政治與公衛力量拔河以外，種種外在干擾因素也都讓疫苗的差額負擔之路，更加增添複雜性與難度。
