第一個是，重質不重量。我們希望追求研究的品質，而不是單純的論文篇數。第二個，中研院創造知識，希望有朝一日「知識」能夠帶動學術和社會的進步。第三個，我們所謂的知識，不只偏重在自然科學，也涵蓋人文社會科學；如何架接各領域，這是中研院很重要的責任。
至於任職到現在，心境有什麼轉變？一旦開始「院長」這個職位，我就拼命往前，比較少時間回顧過去。要創造新環境、或要改變舊習慣，都不是容易的事。中研院有位同事，曾和我分享一句邱吉爾的名言 “If you’re going through hell, keep going." 意思是碰到艱苦的時候，要勇往直前。
如何在百忙中掌握最新研究走向？
看論文一定要先看大方向：這篇論文解決什麼問題，再看他們怎麼解決這個問題。
通常看論文，我是重質不重量，我會看很細，而不是看一大堆論文。我會先看這篇論文研究的問題，是不是我現在關心、或者重要的問題，是的話我就會繼續看下去。
因為我和國外學者有保持聯繫，也常參加國際學術會議，所以通常有新的學術發現，不同的人會傳來一些 email 、學術期刊、報導、國際會議的訊息。有些著名的國際期刊，也會發來一些論文讓我審查，我就能知道研究最新趨勢。所以，新知最主要的來源，就是跟學界接觸，就會掌握科研發展的脈動。
做科學，如何設立人生目標？
好的科學家，就是要解決科學上的問題，人家就會佩服你。會不會藉此而得到什麼名聲，那是另外一回事。
一般而言，當你解決了科學問題，名聲自然會伴隨能力而來。但是，不能急功好利。如果為了名聲來做科學，你會很失望，因為實驗過程通常都是一直失敗，會有相當多的挫折感。
「人文社會科學」存在的意義？以及如何看待「數位人文」趨勢？
一般科學處理的是自然界的問題，或是如何藉由對自然界現象的理解，來解決人類的問題。
但人類很大的問題是，人與人之間相處的問題。這些需要人文和社會科學來研究。
對於人怎麼了解自己、怎麼了解別人、怎麼了解這個社會；還有人跟人之間的相處、人跟社會的相處，都需要有深入的探討，以幫助社會運行至最佳的狀況。這些除了對現今社會的研究外，也要了解過去歷史的演進、文化的傳承，才會理解社會是怎麼變成今天的狀態。
隨著科技發展，「數位文化」是人文及社會科學其中一個努力方向，這些數位工具對於史料的保存、藝術、文物的重建有重大的貢獻。像是中研院有各種地理資訊系統 （GIS），結合歷史資料、地景地物，呈現時代變遷對文化、宗教及社會的影響，實現了「秀才不出門，能知天下事」的情境。
