由於無法採購軍規版本，只能採購民用版直升機，空軍分配到14架S-70C-1，並在1986年交機服役，成為空軍救護直升機的主力，偶而則會擔任人員運輸的任務。至於海軍則分配到10架，採購期間與美方談判許久，最後取得等同於軍規的機體，發展出S-70C(M)-1反潛直升機，並在1990年交機。
當時這24架S-70C-1直升機相當新穎，也成為台灣重要的搜救與反潛主力，不過1994年1月12日，海軍的一架反潛機自成功號巡防艦（PFG1101）起飛時，因失速而墜毀在東部外海，並造成機上一名組員殉職。
這次的事故成了台灣第一架損失的黑鷹直升機，隔年的1995年11月5日，一架編號7002的S-70C直升機，因執行李登輝前總統的花東視察前導機任務，結果夜間返航時因天候不佳，最後在瑞芳山區撞山墜毀，三名機組員殉職。
這次的事故暴露出空軍的救難直升機，沒有全天候飛行能力的弱點，也讓空軍痛定思痛，在1998年採購了四架全天候型的S-70C-6直升機，以提升夜間搜救能力。而海軍則因二代艦逐漸成軍，S-70C反潛機數量不足，在1997年向美國增購11架S-70C(M)-2，並自2000年開始陸續交機。
2005年10月19日，一架海軍的S-70C(M)-2在左營外海，執行夜間降落軍艦訓練時，不慎墜海；而2008年10月22日，另外一架S-70C反潛機在花蓮執行飛行訓練時墜毀，三次的事故讓海軍現在只剩下18架S-70C反潛直升機。
由於海軍有部分的S-70C已有將近三十年的機齡，所以自2014年開始執行性能提升計畫，但因計畫延誤故將於2020年執行完畢，此外海軍也將計劃採購新型的MH-60R（軍規版）直升機，汰換機齡過老的反潛機，只不過因國艦國造計畫排擠掉採購預算，因此何時會正式啟動採購仍是未定之天。
至於陸軍原本使用UH-1H進行運輸特戰之用，但已服役四十多年，為了汰舊換新，因此在2007年推動「天鳶專案」，將採購60架新型的UH-60M通用直升機，並在2014年底陸續交機。
不過2009年八八風災時，因空勤總隊一架UH-1H執行任務時墜毀，馬政府便將原本陸軍採購的UH-60M，撥交了15架給空勤總隊，卻因訓練不足、操作失當等因素，而在2018年2月5日深夜，在蘭嶼執行病患後送任務時墜毀，造成機上六人全數罹難。
也因此當時也引發UH-60M是否適合空勤總隊使用的討論，而空軍在2012年3月27日，一架全天候型的S-70C-6直升機，在蘭嶼外海執行病患後送任務時失事，造成機上5人殉職，僅有一人獲救生還，歷年折損加上機齡老舊，雖然2012年增購三架EC-225 型直升機，但仍不敷使用，也因此2017年時任國防部長的馮世寬，便下令再撥交15架UH-60M直升機給空軍救護隊，藉以淘汰原本的S-70C。
