據相關人士透露，資助兩智庫的國安單位派人前往智庫協調公務時，並不會立即前往遠景現任董事長陳唐山、亞太和平基金會董事長許信良辦公室報告，反而先行向前董事長趙春山報告，趙春山儼然成為地下董事長，這也是執政兩年多來民進黨不願看到的現象。但基於綠營內部意見不一，於是另起爐灶是較為保險的做法，也可以將餅做大，既留下藍營人士為綠營效忠，又可安排綠營新生代學者加入行列。
除了台亞基金會外，國防部的「國家安全研究院」（ＩＮＤＳＲ），則是將遠景基金會與亞太和平基金會的國防研究議題分離出去，位在陽明山的國家安全局也定期召喚國安院的研究人員上山報告，避免提供給蔡英文的情資與國安院的研究成果差異過大而產生不必要的麻煩。
台亞基金會未經立法院「認證」
台亞基金會麻煩的是，並未像當初台灣民主基金會成立時，乃透過立法院立法讓該基金會長久存在，外交部對台亞基金會的撥款並非法律義務，可能隨著人亡政息，政黨輪替而改變。至於台灣民主基金會有立法保障，除了提供政黨補助而讓台灣政黨皆大歡喜外，也提供民間團體一般補助，在民主化的過程中扮演一定的角色。
台亞基金會就沒有這麼幸運，無論是為了與遠景基金會分權，還是為了推動民進黨的新南向政策而分進合擊，只怕未來政黨再次輪替，遠景與亞太和平基金會還是會「重返榮耀」，台亞基金會就怕「曇花一現」。
