這是由於在合作書中，清大不僅對基金會並沒有掌握權，甚至連院務會議也只能推派三分之一的席次，根本難以左右院務。但值得慶幸的是，目前台大至少是以「產學創新條例」，在國家法規的基礎上辦學，有一定的監管機制。而清大台北政經學院設立以後，已隱然成為基金會之外延單位，並成為政治人物發表評論的背書工具。舉例來說：基金會董事長黃煌雄，先前與前參謀總長李喜明，於基金會底下成立「和平與安全中心」智庫，並發表國防評論。固然於民主社會發表評論，自屬憲法言論自由所保障。然而，學院受基金會主導，且與基金會名稱相近，加以學院方刻意抹除清大字號。從外人來看，基金會及其智庫所發表的任何言論與刊物，極易混淆為大學學研機構所發表。不僅危及大學自治，清大更需不斷澄清這段錯綜複雜的合作協議。
結語：危害大學自治，教育部應調整特殊學院審查機制
綜言之，在大學法空白地帶冒出來的台北政經學院，已形同將大學自治作為工具。清大已然蒙受其害並有苦難言，甚至現在校方還必須得為學院背書。殷鑑不遠，盼望社會各界記取教訓。筆者同時呼籲，清大應儘速檢討並調整與台北政經學院基金會的合作模式，而教育部更應負起責任，對於這類學院的設立，應設立更為嚴格的審查機制。
＊作者為國立清華大學校務會議委員、國立清華大學學生議會前議長
