慈濟風波在台北內湖保護區開發案爭議後，波及台南教育界。台南市長在臉書上對市府代付慈濟中學校地租金一事作了說明。而所謂張燦鍙市長往事，慈濟中學也有說明，與市府說法類似，見該校網頁。
雙方都做了說明，一致的說辭也都指向當年的狀況，似乎風波就該如此平息。但新聞的熱潮一過，大眾的疑惑就消解了嗎？還是留給慈濟一個自己不在乎，但外界揮不去的負面印象，而就此不了了之呢？佛教所謂「緣起性空」，明白這「事情」或「是非」是怎麼個「緣起」，自然能對所謂的「事實」能夠點破，不會執著，無毀也無譽。這一波慈濟爭議雖源自於「生態保護」，但貫串其後連續數起爭議，其本質實也同樣是關於「公共性」爭議。解決爭議方式當然不是「歡喜做、甘願受」的態度，而是查清真相。首先，當要追問的是：當時（2000年左右）安平區附近是否真的如兩造所稱「國中小學教學資源不足」呢？
在慈濟完全中學（含國小部）2007年招生前，附近已經存在的國小有：距離0.8km的安平國小（1997年設校）、1.4km億載國小（2003年）、1.5km新南國小（1952年）、2.4km石門國小（1900年）。而國中有1.5km金城國中（1961年）、1.7km安平國中（1997年）、1.7km新興國中（1981年）。誠如當年為了慈濟中學變更都市計畫用地的文件，南市都發局所謂當地「國小、國中面積已滿足所需」，故可將原「文小43」、「文中44」兩塊用地，變更為彈性較大的「文教用地」給慈濟使用（作業期間2000~2001年，公告書）。
明明都發局的資料裡，學校數量足夠，卻為什麼當年的確有安南國小學生爆量，成了「二部制」學校，而至今安南國小的學生仍舊眾多呢？在周邊學校數足夠之下，「學區劃分不當」是當首先檢討的對策，而非新增學校。即便採取增設學校一途，在慈濟籌設作業時，早已能遇見兩年後就有億載國小落成，完全可以補上國小學生容量。當時大費周章變更都市計畫，不論當時怎麼向附近居民以及其他私校業者聲稱「補國小不足」、或「此地將辦特教學校」，市府真正目的應該只有一個：「增設高中」。而且，由於市府財政困難，故引入私人資本，更由於該兩筆土地大半屬於教育部學產地（自清代以來民間捐贈）以及國有地，對南市府資產而言，並未有太大減損。故為慈濟找地租地、變更都市計畫設定、訂定獎勵私人興學自治提條例提交議會審議通過，市府出力實在不少。
學生就學權益本是地方政府責任，增設學校是好事，但，新設的學校是私立學校，就不一定是公益了。關鍵在於「公共性」以及「對公共資源不足之補充性」。台南慈濟中學依照私立學校收費標準，小學部約兩萬八千元，中學部約兩萬三千元（中華日報，2007/03/15，〈慈濟中小學招生說明會塞爆會場家長關心詢問問題不斷〉），其國中部亦以招收國小國語、數學、英語三科績優學生為重點對象。這樣的辦學精神，實在與公共性背道而馳；這樣收費標準，難道是安平地區一般家長可以接受的嗎？可以說是為了解決二部制、補充學校不足嗎？更別提強制穿校服（服裝代辦費七千元）、禁帶葷食到校（強制性的學校午餐也是素食），更有違法之虞。私立學校畢竟不是補習班，當募款以應支出，而不應當全賴學費收入，慈濟校長聲稱每年賠多少錢的態度，令人驚訝，這怎會是公益性財團法人的辦學立場？ 是以，這所私立學校的設置，與當初市府與慈濟雙方聲稱的緣由，完全不相干。本案，若要有個圓滿解決，並不是要慈濟自行負擔租金（就目前所見的資料，市府似乎也不得不遵照其自治條例以及與慈濟簽訂之契約），而是應忠於當時對大眾的承諾，落實自治條例與契約原則。
