為解決農地工廠問題，立法院2019年三讀修正通過《工廠管理輔導法》，要求在2016年5月20日前成立的農地低污染未登記工廠，須在19日前申請納管，否則將斷水、斷電。地球公民基金會指出，工輔法從2010年修法至今已2次放寬申請期限，若期限再度延後，使農地工廠肆無忌憚，不僅法令罰不到，也不需要聽民眾的聲音。
低污染未登記工廠雖可透過上述方法合法營運，但經濟部2021年公告，基於環境保護或安全考量，包含農產業群聚地區中屬農業用地者，不宜設立工廠。全國農業產業群聚弱勢工廠自救會去年與立委林岱樺等人赴行政院抗議，農委會劃出「農產業群聚地區」恐導致5000多家工廠面臨被移除命運。
地球公民基金會台北辦公室主任吳沅諭批評，立委林岱樺等人透過選舉，讓農地工廠無法落日，從2010年修正工輔法至今，政府已2次延長申請期限，他們擔心今年19日期限，會在民代、議員及廠商的壓力下再度放寬標準。吳沅諭呼籲，民代不要只看到廠商利益，也有許多民眾可憐不知道如何發聲。
地球公民基金會山林國土組專員蔡佳昇則表示，自2018年開始收到全國各地民眾陳情，2020年與g0v.tw台灣零時政府開發「農地違章工廠回報系統」，至今已收到1500件農地違建回報，這讓人不禁懷疑，到底是什麼樣的政府公信力，讓民眾轉而向民間團體陳情？
環團：陳情民眾只敢匿名檢舉
蔡佳昇指出，當中有許多陳情民眾，因為害怕被報復、個資遭洩露，而以匿名方式檢舉。舉例來說，台南有民眾只敢用公共電話致電，要求對方說出暗號，確保接電話的人確實是地球公民基金會成員，才願意陳情；此外，更有工廠負責人放話威脅民眾，使得民眾深感恐懼，不敢向政府檢舉。
蔡佳昇提到，位於彰化埔心的仲誼科技公司從事鑄造製程，以保麗龍作為原料，每日燃燒保麗龍製造金屬熔具，其產出的廢氣讓附近居民身體吃不消，儘管居民組成自救會向縣政府檢舉、抗議，環保局卻回覆該污染沒有相關標準可判定，無法開罰。
環團：許多廠商賭政府不會嚴格執法
地球公民基金會山林國土組專員賴沛蓮表示，座落在雲林的冠林砂石行從事水泥及其製品製造業，投訴人陳述，該廠商經常將廢棄污泥違法堆置在農田上，飄出來的異味令人難以忍受，每到雨天，都擔心工廠是否會造成溪水污染。賴沛蓮指出，根據司法院及環保局裁罰紀錄，該工廠曾販售從石牛溪盜採來的砂石、傾倒違法收受的污泥，從2013年開始共累計11次違規紀錄，若這種違規工廠因納管資格放寬而就地合法，便可能繼續在農地造成污染。
賴沛蓮表示，有部分廠商雖希望合法營運，但因為政府過去有太多次放寬標準的先例，使得他們想賭賭看這次政府是否會嚴格執法，因此，地球公民基金會希望政府落實執法，否則廠商會持續觀望。而民代跟議員不應該再接受工廠關說，政府態度也要硬起來，19日期限一到，應立即斷水斷電，展現管理農地工廠的決心。
