兩岸合作比統一重要，如果達成統一卻無法合作，也沒有意義。我們必須相互認識、相互了解、彼此尊重，我們必須說服中國大陸：自由與民主的台灣，比統一更符合中國利益。
一張柯文哲搭台北捷運的照片（下），在中國大陸瘋狂散布，部分原因是，那與很多大陸官員的驕縱生活，形成對比。對此，柯文哲回答：
我不能想像（這麼多人注意那張照片），不過，實際上我並不在乎，我就是當我自己。這就是文化差距，我曾經說過：「當99%的中國人上廁所會關門的時候，就可以來談統一。」當時傷到很多中國民眾，但（兩岸）文化差距確實存在。
官員搭捷運又沒錯，有甚麼好大驚小怪？有人談「一國兩制」但我們應該談的也許是「兩國ㄧ制」，我們應該縮小這個差距。
中國共產黨
我對共產黨的瞭解，比她多數黨員多，因為我喜歡閱讀。我讀了很多共產黨歷史的書，共產黨不是一個競爭對手，而是一個客戶（client）。不管你喜不喜歡，中國都是我們要面對的問題。
貫穿中國歷史，只有很少幾個朝代，能夠餵飽所有人民，中國政府能做到，成就讓人難以置信，我們應該尊敬這一點，不過他們也有自己的困境要克服。
台灣對大陸的影響
我想，保持自由民主的台灣，有助於中國歷史發展。有人說，中國人不應該普選，但台灣都選過5次總統了。有人說中國不文明，（但）你去看看台灣捷運，比紐約地鐵還乾淨。
2016年台灣總統大選
我不知道未來會怎樣，但我希望台北市能成為藍綠「非軍事區」，我會試著保持中立，我不會參選總統，這是一個簡單明瞭的答案。
