到了1998年，神學士已經成功控制阿富汗約90%的國土。
這個時候，基地已經不再單純是一個簡單的物資供應網絡，它演變成一個聖戰組織，希望擴展全球。神學士政權為了答謝基地的支持，容許它進入阿富汗。
但基地在伊拉克的分支同時也有這種擴展全球的計劃，它的想法與基地最初的想法也不同。於是它在2006年吸納了其他極端組織，改名為「伊拉克伊斯蘭國」（Islamic State of Iraq）。
它在2011年趁著敘利亞內戰時進入當地，再次更改名稱稱為「伊拉克與黎凡特伊斯蘭國」（Islamic State in Iraq and the Levant），自稱為以伊斯蘭教法治國的「哈里發」（caliphate），同時立即與基地切割關係。
它們各自如何解釋伊斯蘭教義？
神學士、基地和伊斯蘭國其中一個最大的共通點，是它們都以強硬的方式解讀遜尼派伊斯蘭教教義。
倫敦國王學院學者格羅皮（Michele Groppi）介紹說，這三個組織都認為，社會和政治生活都離不開宗教生活。「他們相信以宗教名義使用暴力沒有問題，同時也是義務，一個不願意戰鬥的人就是差勁的回教徒。」
格羅皮指出，這種看法源於他們對一些經文嚴格地按字眼解讀，但其實這些經文編寫的時候，情況和面對的威脅完全不同。
「可蘭經與聖經一樣，有許多一些嚴苛的條文，但大多回教徒一般來說都不會理會那些條文。他們會認為，條文在宗教開始時會有意思，因為當時教派的確受到威脅。當時發動聖戰的確符合邏輯。」
一些專家認為，神學士、基地和伊斯蘭國之間最大的分別，在於它們有不同程度的極端主義。
它們的目標有什麼分別？
神學士的目標主要只在阿富汗境內，基地和伊斯蘭國就希望把影響力擴展全球。
神學士在1990年代掌權時執行嚴格的伊斯蘭律法，包括對女性有嚴格規範和嚴刑峻罰，包括公開處決、鞭打和斬斷手掌。它再新掌權後，民眾害怕它會重回舊路，因此希望逃離當地。
美國喬治城大學（Georgetown University）學者比曼（Daniel Byman）指，基地和伊斯蘭國的教義更嚴格。他接受BBC訪問說，神學士的目標「是把阿富汗回復到理想化的伊斯蘭時代」，而不是改變其他國家。
而雖然基地和伊斯蘭國都希望在全球擴張，並建立「哈里發」，它們有一點十分不同。
