馬英九總統於九合一選後辭去國民黨主席職位，轉而思考剩餘總統任期可以扮演的角色。為此馬英九召開了選舉期間無暇舉行的幕僚會議，就重大政治議題尋求意見。據了解，這項「腦力激盪」會議未來1年半還將繼續舉行，週期則依馬英九視議題需求決定。
而在政策方面，儘管馬英九單獨邀請部會首長入府報告的「習慣」不變，但鑑於新閣揆毛治國已經施政重點放在國會與社會溝通，馬英九也相應調整過去先確定政策方向，再要求執政黨團配合的施政模式，尊重行政與立法體系的互動方式。
腦力激盪會議 馬希望聽與會者建言
馬英九承擔敗選之責辭去黨魁之後，除必要公務之外處於潛沉狀態，思考如何在總統職位上扮演積極角色。而在思考過程中，選後2日即舉行幕僚會議，發揮為馬英九爬梳重大政治議題的功能。
據透露，這項內部會議不盡然是傳言中的政治幕僚會議，更像是馬英九與核心幕僚的「腦力激盪會議」。由於會議沒有第一線部會首長出席，加上在核心幕僚之外還邀請了深受馬英九信任的民間策士參與，使這項沒有決策實權的會議影響力反而更為大。
會議由馬英九親自主持，先由親近幕僚簡報近來國政及總統府關切議題，再由與會者提出必須重視或可以預見的重大政治及公共議題。不同於與公民團體或學者專家的座談，馬英九在腦力激盪會議中聽得多、說得少，發言也較過去坦率，直接提出自己希望著力的議題，並希望與會者提出建言。
馬英九過去就經常針對不同議題，邀請特定領域的學者專家入府「請益」，但會議內容僅止於政策研議的參考，落實在實際施政作為上的比例並不高。
然而據指出，選後3場的幕僚會議討論集中在高度政治性議題，並針對馬英九在失去黨魁身分之後如何協調政、黨運作，以及以總統高度促成社會和解等大方向，馬英九也希望藉由會議討論，尋求未來1年半的角色定位。
辭去黨主席後 重心將著眼政黨協調
除了尋求策士建言，馬英九在政務處理上也做出調整。據黨務人士透露，馬英九在辭職後對黨務只能關心、無從過問，未來重心應轉向行政體系，著眼於政、黨體系的協調。
據透露，馬英九基於職責仍會關切施政進度，並向毛治國等行政團隊充分掌握政策思路。但由於毛內閣堅持專業行政分際，更公開承諾「以民意為最高考量」，未來在政策溝通上，將針對國會、公眾採不同對象、不同方式進行，馬英九也無法循過去召集黨團與行政體系共商施政方向的模式，只能尊重行政、立法兩院的溝通。
由於目前仍處於政局變動後的沉澱期，馬英九與黨及行政體系的互動模式尚未確立。幕僚透露，未來若發生重大議題，相信內閣仍會與馬英九充分討論，並不會讓失去黨魁角色的總統「虛位化」。
