農委會提升規格為農業部雖是各界共識，但林務局業務涉及森林保育與林農、林產兩大部分，農委會試圖將林務局留在農業部，致環保人士反對，未來可能將林務局「森林保育組」移至環境及資源部。
至於經濟及能源部的改組，原本經濟部礦業司歸屬環資部並無爭議，但因牽涉《礦業法》十多年未大修，亞泥礦場展延問題引發原住民與環保團體抗爭，民進黨立委林淑芬因此要求優先通過《礦業法》，再通過經濟部及能源部組改。此一組改爭議較前述部會來得複雜。
「一粒」功臣轉特任賺很大，可能出現女性財經政委
這波內閣改組，先是行政院性平委員批女性閣員比例偏低，繼而機要親信升任特任官職都是史上僅見，而需才孔急的財經、科技政委卻仍虛位以待。
政院發言人丁怡銘從原簡任10職等機要秘書，月薪8萬8000餘元提升至19萬6000餘元的特任官，調薪9萬8，還加上2萬8的特別費。
原任蘇貞昌辦公室主任的黃致達，原職是機要政院顧問，月薪15萬元，擔任政務委員後獲加薪4萬5000元。
丁怡銘與黃致達都追隨蘇打選戰，蘇敗選後組閣，丁、黃再度追隨蘇到行政院。追隨蘇已久的黃致達，負責協調部會；丁怡銘則率四小編衝文宣，「一粒卡臣」的文宣紅到日本，蘇揆民調滿意度因而衝新高。
蘇內閣改組僅進用4位女閣員，被性平會委員嗆史上新低。政院對外稱：「數字非唯一考量，尊重女性平權的價值才是重點。」也有網友認為女性閣員漏算唐鳳，但唐鳳自認跨性別政委。政院秘書長李夢諺說，尊重每人的自我認同。
這波內閣改組卡在「罷韓」隘口，預見二階段局部改組，女性閣員可望再增加，如前台美會主委林良蓉有機會出任WTO代表，女性財經政委也可能出現。（李順德）
