陳其邁說，當務之急是幫他們建立新的ＳＯＰ。
負責補破網的陳其邁，第一步整合軍方垂直通報後，再讓軍方的疾管中心和中央疫情指揮中心有橫向聯繫。他說，中央指揮中心專家會議裡，本來就有一位三總的胸腔科醫生，但是不是能再多加兩個軍方人員進入，讓中央的專家可以給軍方更多諮詢。
無論如何，敦睦艦就是在這次台灣整體防疫網上「漏勾」。陳其邁說，因牽涉到作戰，中央指揮中心不可能直接介入軍方，但「我的邏輯很簡單，有錯就改正，最怕是有疏失不講，或者是處理過程中該通報的沒有通報，這是我們最擔心的。」
軍方從事發至今，連續前言不對後語，確實令人擔心有疏失不講、有錯不改。
三軍統帥對軍方下達最後通牒
糟糕的是，軍方危機控管離離落落不是第一次。蔡英文上任後才不久就發生的雄三飛彈誤射，當時軍方也是搞了半天還不知道哪裡出錯，最後是蔡英文自己把各層級人員找來一個一個問，才知道雄三飛彈發射程序，竟然連個ＳＯＰ手冊都沒有。
這次敦睦艦出事，蔡英文以三軍統帥的身分，公開對軍方下達最後通牒：「誠實以對」、「不要隱匿」；還在第一時間派出心腹陳其邁進駐海軍調查。前事不忘後事之師，軍方若再不跟上腳步，恐將面對下一波整飭。
病毒實驗室國家隊，出動查敦睦艦感染源
為了搞清楚敦睦艦究竟在哪裡受到感染，行政院副院長陳其邁特別請「病毒實驗室國家隊」出馬，拚7天內找到答案。
為因應這次疫情，陳其邁3月時特別找來台大、長庚、三總、疾管署的昆陽實驗室，整合成立了「病毒實驗室國家隊」。病毒實驗室國家隊是以辨別基因序列（RNA，核糖核酸測序）找出病毒的身分證、指紋，破解感染來源。
病毒實驗室國家隊曾在關鍵時發揮作用。3月埃及尼羅河上一艘郵輪出現12名確診病患，當中1名台籍女遊客被埃及衛生部視為感染源，後來中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中出面駁斥，埃及政府的想定過於草率，就是病毒實驗室國家隊辦案發現，該案病毒是歐洲株，感染源絕對不在台灣。（楊舒媚）
