職權進行主義，由法官主導案件的進行，法官必定要先從了解控方的主張開始，因此通常容許控方於起訴時將所有的指控證據隨著起訴狀倂呈。當法官看畢控方的卷證之後，固然知道如何進行問案，但也容易在心中形成受到控方卷證影響的預斷。
一個簡單的道理是，當法官開始問案、尋找問案的問題時，就會發現，心中的疑問必會有些假設，假設有罪所問的問題與假設無罪的問題並不會一樣。除非問案的法官只問假設無罪的問題，就一定會有假設有罪的時候。偏偏問案的法官又不希望與人心中已有定見的觀感，同時問一些假設有罪與假設有罪的問題，看起來比較中立一些。其結果就是只要採用職權主義進行問案，原該是謹守無罪推定立場的法官，幾乎無可避免地會有改採有罪推定的時刻。控方也會發現，只要是法官運用職權問案，就會有向控方靠近的時候；採取當事人進行，純粹聽案的法官，則始終是個需要控方說服的對象。在台灣有些有經驗的檢察官根本選擇不是每次到庭，或是出庭時儘量讓法官詢問被告或證人，自己則能不說話就不說話，就是誘使法官推定有罪的上佳策略。而法官只要不肯承認自己可能會受影響而形成預斷，就會難以拒絕主動問案、把整個案子握在手中的誘惑。
因此在職權進行主義的訴訟制度之下，如何強調無罪推定，都不為過；也必須一再強調無罪推定來防止法官預斷。
當事人進行主義，由於採取集中審理，法官聽訟並不先看卷證，控方起訴時只須有起訴書，不必呈送卷證；日本法上稱之為起訴狀一本主義（只有一份起訴狀而無證據隨行的意思）。此詞台灣法學界一直延用迄今，圈外人則可能聽來一頭霧水。當事人進行主義制度裡不必先看卷證的法官，審判時一次聽完雙方陳述辯論，自然更可以免除預斷；當事人進行乃是比職權進行更能夠徹底實現無罪推定的辦法。
多年以來司法院推動刑事司法改革，每次談到要採取起訴狀一本時，以法務部為代表的檢察系統都會反對。說的直白一些，不能令人接受的一個原因就是，檢方不肯放棄利用卷證併送的現狀，形成法官預斷而動搖無罪推定所帶來的舉證便宜。另外一個常常聽到的理由，大概就會說當事人進行主要盛行於英美法國家，大陸法系國家採取職權進行仍然很多，改變並不必要。這就是在迴避討論落實無罪推定的重要性，而只是依賴法系血統論做為說理的遮掩或是形式支撐了。因為，我們想要談的是那一種選擇更有道理、更有助於成就司法所應追求的正義，而不是在選擇或回答我們究竟屬於什麼法系。
其實不管那個法系，檢察官辦案都會從有罪推定開始搜證，但是因為了解法官會基於無罪推定而只就罪證無合理懷疑的案件判決有罪，所以凡是檢察官起訴的案件，應該都是檢察官自認舉證已達無合理懷疑的程度、企圖邀得法官的認同而判決有罪才對。即便如此，審判中經過被告抗辯之後，法官亦未必認為檢察官的舉證已經達到無合理懷疑的程度，而仍然可能判決無罪。如果法官不堅持無罪推定，檢方就會放寬起訴標準，無辜者入罪的風險自然大增。
