儘管張顯耀疑涉洩密案導致兩岸交流暫時進入冷卻期，但兩岸官員私下透露，目前仍處於膠著的《兩岸協議監督條例》進展，仍是中方持觀望態度的主要原因；也由於監督條例影響後續談判是否順利生效，被兩岸視為二次王張會之後最重要目標的兩岸互設辦事機構，談判也因此遲遲未有斬獲。
兩岸兩會針對互設辦事機構已進行多次談判，6月底二次王張會終於獲致共識，將我方最為關切的人道探視納入互設辦事機構功能，形同排除一大障礙。原本預期互設辦事機構談判將在王張會後順利完成，不料7月再次談判時並無具體進展，待8月張顯耀案爆發，相關磋商暫時停擺。
已進行7次業務溝通 目前磋商停擺
根據陸委會資料，兩岸已就兩岸兩會互設辦事機構進行7次業務溝通，並就辦事機構設置、業務功能與範圍等交換意見並獲致共識；不僅彼此確認不介入內政、不從事情蒐等準駐外使館的行為規範，人道探視也已納入互設辦事機構功能。
然而在7月的業務溝通之後，陸委會並未如過去對外說明溝通進展，甚至未主動透露有此次協商，反而是由海基會董事長林中森在董監事會報告中提及。官員私下表示，雖然陸委會並不會在每一次業務溝通後都對外說明，但7月的溝通確實沒有進展，我方也對中方的保留態度感到不解。
據官員分析，據陸委會向經常走訪對岸的學者請益，加上近幾個月來兩岸互動內容研判，讓中方對互設辦事機構一事「由熱轉冷」的原因，應是《兩岸協議監督條例》懸而未決所導致。
據透露，中方官員就曾在非正式會晤的場合對貨貿談判進展一事表示，「就算現在談完了，是不是監督條例沒過就不能生效？」透露出對條例前途未卜一事的不滿態度。而就連民進黨核心幕僚，也曾在與來台參訪的中方學者見面時被問到，民進黨對《兩岸協議監督條例》態度究竟如何？是否真如外傳打算反對到底？
對此陸委會及海基會仍強調，兩岸間相關議題的協商都仍在持續進行；林中森也曾在臨時董監事會中表示，包括兩岸兩會互設辦事機構、環境保護合作、飛航安全及適航標凖合作、避免雙重課稅、爭端解決協議等6大議題，都在緊鑼密鼓地協商當中；若有進展，「先談成哪一項就先簽哪一項」。
