蔡英文總統年初時親臨調查局結業典禮，特別就國家保防、防制經濟犯罪、加強反毒工作「叮嚀」調查局。調查局長蔡清祥在接受《風傳媒》專訪時表示，查緝毒品需要的是決斷，而經濟犯罪有調查局的專業團隊支撐，讓他有信心。至於外界認為他從最高法院檢察署檢察官調任調查局，頗有外來力量整頓局內的意味，他認為，自己非外人，都是屬於法務體系，只是過去對「國家安全」領域較為陌生，因此把所有的心力精神放在這一塊，草擬「保防專法」。
改變體系 就任後調動55位一級主管
由於蔡清祥是從檢察體系調派到調查局任局長的首例，在外界看來，此番人事任命，頗有找「外人」整頓內部的意味。蔡清祥對此表示，會先把目前角色做好，他認為，自己不是真正的外人，還是屬於法務體系之一，而以往熟悉的檢察工作與調查局工作差距不大，與調查基層同仁都有接觸，對於調查局工作也熟稔；不過，對於自己被派任到調查局，他也感到意外，解讀可能是希望他來改變體系吧！因此，上任後，進行一次機關內一級主管大搬風，調查站人員幾乎都換了，台北市、新北市、桃園都動，內外勤也調動交流，共計55人。
蔡清祥也坦言，自己在「國家安全」的領域，比較陌生，但畢竟過去擔任過金門檢察長，也參加過地區性的安全會報，所以國安的重點在哪也都知道，他說，就任後把所有的心力精神放在這一塊，學習了解國家安全，在短時間內，就把國家保防工作草案完成。
與法務部長互動良好
由於過去曾有法務部長管不動調查局長的前例，蔡清祥對此回應，當前雙方互動非常好，跟法務部長邱太三以前就認識，蔡清祥認為，現在邱太三對調查局的支持是過去所沒有的，自己上任局長第一天，邱太三就詢問有沒有經費需求，視察青溪國安站後，也馬上高額撥款整理該區，並更新伺服器與升級相關設備，此外，法務部去年還多給了調查局近40名的甲等考績員額，帶動局內士氣。
破獲史上最大宗毒品走私案 黑市價格25億
蔡清祥就任後的去年底，破獲史上最大宗毒品走私案，包括古柯鹼218公斤、安非他命51公斤，黑市價格達25億。蔡清祥回想，這個案子其實經過調查局2年的蒐證，毒販在被破獲前，曾用同樣方式運毒多次，調查局知情，毒販手法精巧，將毒磚裝在車用的大型電池內，不但X光照不到，就連緝毒犬都只有1、2隻聞得出來，當下必須大膽決斷拆解，否則若沒有毒品就需賠償。
他認為，該做的事要做，對於查獲毒品後，國內恐因毒量減少導致價格飆漲，而衍生諸如偷竊等犯罪行為增加，他認為，那是另外要去解決的問題，調查局特別負責國際合作緝毒，眼前的毒品問題依舊要嚴厲查緝。
防制經濟犯罪 「對調查局專業團隊有信心」
至於總統交待內線交易與詐欺等經濟型犯罪防治，蔡清祥說，調查局有經濟犯罪防治處、洗錢防治處、資通安全處等後勤單位支持前線辦案，有堅強團隊，有相當多專精同仁，辦案上很有經驗。國際洗錢部分，台灣的金融情報中心就是洗錢防治處，且台灣是國際防制跨國洗錢犯罪的「艾格蒙聯盟（Egmont Group）」創始會員國，洗錢防制處處長李宏錦是艾格蒙亞太區代表，這樣的團隊讓他有信心。
不過，調查局對外在毒品與經濟犯罪調查上有一套，近期，內部也出現調查員濫用情資與權力、「知法犯法」的情況，蔡清祥說，自己在就職時一再講，嚴格要求紀律嚴明，行事依法，不能依情感，人員遵循的是法律，否則絕對不寬貸。
紀律嚴明 「袒護自己人不是我的風格」
他說，像是最近一起內線交易，外界懷疑調查員執行搜索的過程中可能洩密，他認為，內部要認真查清楚，有就依法辦理，沒有就對外澄清，調查局因此啟動對內調查機制，查出調查員參與股票買賣，對金主洩密，後來案子移送檢察官，檢察官聲押，也羈押獲准。「袒護自己人不是我的風格」，他強調，「以我檢察官的經驗，可以透過證據比對，如果不構成證據就不懷疑同仁」。
蔡清祥也說，自己到調查局也是來幫同仁解決問題的。像是去年4月份破獲一起煉製中的毒品案共1700多公斤，因為是半成品，無法送到毒品庫，原料異味飄出，影響調查同仁辦公環境，他說，一般是案子到哪、證據就該送在哪，但該案起訴後，檢察官說地檢署擺放不下，檢察官起訴到法院後，法院也說擺不下，就這樣持續擺在調查處辦公室內影響同仁。
「來調查局是來幫同仁解決問題的」
他說，過去有院方壓檢方，檢方壓調查局的情形，但問題總要解決，大家都礙於情面而沒法處理。於是，自己就去拜訪檢察長，剛好是他的學生，接著拜訪台中地院院長，是他的同學，很慶幸1-2個禮拜就解決掉了，調查局同仁很高興，因為工作環境改善了。
蔡清祥可以靠著過去的交情，解決半成品毒品堆放的問題，但這只是靠自己的人脈解決組織間的問題，但過去調查體系常被批評重用自己人會為組織帶來負面影響。蔡說，帶動或提拔自己曾經共事過的人這難免，「我來接這個工作，我沒有人事包袱，大家都是國家的人馬」。他說，上任時做的人員調動，完全是看績效、專業、品德、經驗歷練、上下橫向溝通能力、人格特質，來判斷適不適合擔任更高的職務。
