台灣農產品價格為何長期偏低，不少農業學者都將責任歸咎到農產品產銷體系的不健全，蔡英文總統重要農業政見「台灣農產品國際開發公司」，就是希望成立1家國家可掌握的農產品國際行銷公司。而過去70年，台灣沒有這樣的機構嗎？答案是有的，台灣省青果運銷合作社早年在對日香蕉、柑橘出口，就扮演重要角色，諷刺的是，青果合作社在台北農產運銷公司董事改選爭議，卻站到了民進黨政府的對立面。
根據內政部104年中華民國合作事業統計年報，全台農業合作社共有1270個，其中，農業生產合作社有683個，農產運銷合作社有335個，台灣的農業合作社場組織，除台灣省農會、青果合作社、農聯社等省級社外，一般合作社場的社場員人數皆未達經濟規模，競爭力薄弱、發展十分不易，農民經濟資源薄弱，缺乏組織能力、群眾基礎及合作意識，導致有許多農業合作社場並非由純農民所組成，而由販運商發起成立，組社後易被少數不具農民身份的人把持掌控。
而台灣省農會（併入中華民國農會）、農聯社，與前雲林縣長張榮味均有密切關係，以台灣省農會為例，農會總幹事張永成為張榮味妹婿，農聯社理事主席張啟盟則是張榮味胞弟，雲林張家不僅掌握全省果菜批發中上游通路，2年前也拿下中華民國養豬協會。
所有農產運銷合作社當中，青果合作社在日治時代即具規模，台灣光復後，政府輔導在全省設有6個青果運銷合作社及1個聯合社，1975年改制為台灣省青果運銷合作社，台灣省農業合作社聯合社（農聯社）則是1979年起辦理果菜共同運銷，與省青果運銷合作社及省農會等，成為傳統果菜共同運銷的3個供應系統。包括國防部所提供國軍官兵副食品，都是由台灣省農會、青果合作社及農聯社所屬基層農民團體，以直銷方式供應32個國軍副供站。
長期獲官方資源卻無法掌控農委會：農產運銷體系屬廣義轉型正義改革領域
為了降低共同運銷成本，補助農民包裝資材、工資、補貼運費等，並補助農民團體設立集貨場、打包機等設備，還訂定「農民團體共同運銷輔導獎勵督導辦法」，編列預算補助農民團體辦理共同運銷。
省級農產運銷社，長期以來獲政府官方資源，如今官方卻無法掌控，1位不具名農委會官員表示，農業部門過去幾十年發展出許多農民組織，「以青果合作社為例，這個早年推廣台灣香蕉銷日的機構，能夠佔有台北農產運銷公司2席董事席位，為何不能扮演過去農產品外銷推廣功能？」
農委會跟台北市政府在台北農產運銷公司高層人事案顏面盡失，民進黨政府上台，對這個龐大的產銷體系卻投鼠忌器，擔心批發市場失控，農委會在日前新聞稿上，僅強調「台北農產運銷公司在制度面改革、拍賣流程革新及配合政府政策推動農產品安全標章方面，仍有改善空間，農委會將持續監督。」
農委會官員表示，台北農產運銷公司經營權問題，只是凸顯出台灣農產運銷體系長期不健全，導致農產品價格偏低，「台灣的農產運銷體系，跟各縣市農田水利會，都屬於廣義轉型正義的改革領域。」 （相關報導： 蔬果交易量占全國超過1/4 台北農產運銷「喊水會結凍」 ｜ 更多文章 ）
農委會官員表示，目前各縣市農田水利會，很多是接受日治時代灌溉溝渠，有些直轄市農田水利會，例如台北七星、瑠公農田水利會、桃園、台中、高雄農田水利會，目前合計土地資產高達2000多億元，「水權原本應該是國有財產，但各縣市農田水利會可以把民生用水賣給工業區，1年賣水的收入高達30億元，說難聽一點，根本是擁水、擁地。」
