與現行制度之扞格：勞工董事本質上屬勞工，專業不在企業經營事項，是否具有經營管理者所需之專業背景或相當能力參與董事會共同決策，促進企業達成目標，不無疑問，且若民營事業引進勞工董事，實與現行制度有若干齟齬之處。
以推派董事程序為例，目前依公司法之規定，股份有限公司董事乃股東依公司法規定之程序所選任，係執行業務並代表公司之人；按理而言，勞工董事既擔任董事，其選任亦應依循相同選舉機制，透過股東選舉而出任。然依國營事業管理法第35條第2項，有關國營事業之勞工董事，由國營事業主管機關聘請工會推派之代表擔任，其派任與國營企業一般董事不同，若民營事業勞工董事亦採行相同派任模式，與一般董事經股東選任程序即大不相同，且目前國內工會組織率偏低，於多數企業尚缺乏工會之情形下，由工會推派勞工董事之途徑即無實施可能。
又於企業勞工無組織工會之下，如何在全體勞工中，公平、公正地選任出代表全體勞工權益之人參與董事會？另外，如工會或全體勞工之選舉程序產生爭議，應依何規定處理？除了現行之董事選舉外，將來就勞工董事選舉，可想見將耗費相當程度之時間、人力、費用成本，實施此制度追求之效益與耗費之成本，是否合乎比例？大有疑義。
不利董事會決策機制運作：勞工董事基於前開身分及職務上與一般董事之不同，所欲維護之利益更有重大差異，故勞工董事於參與董事會時，就企業經營管理事項之決定，可能較易產生歧異，難以達成意見一致；而勞工董事在與其他董事會成員溝通意見時，基於其經營管理理念等與一般董事可能存有較大之落差，亦可能導致董事會於進行重大決策時，因溝通、歧見整合所耗費之時間、人力成本，都可能較無勞工董事之情況下更多，此亦屬董事會運作之不利影響。另如企業就勞工之人事決定權事項，亦不排除勞工董事基於其工會代表人或勞工利益代言人之身分，升高董事會衝突，癱瘓議事進行之可能，此於企業經營管理上亦非樂見。
企業營業秘密保護之漏洞：實務上亦曾發生勞工董事將其參與董事會等重要會議，而將其所知悉屬於企業營業秘密之事項，以涉及勞工權益為由，直接帶回於工會理事會甚至於會員大會公開討論，造成企業營業秘密洩露，影響企業經營。尤有甚者，如果因此不慎將內部營業秘密事項洩漏予競爭對手，亦可能導致企業受有重大損害。
多重身分可能導致勞工董事法律責任難以釐清：從勞工董事所負之法律責任觀點而言，勞工董事為董事，依公司法之規定，其係公司之負責人，依公司法第192條第5項規定，其與企業間具有委任關係，然勞工董事同時具有勞工身分，與企業間亦屬僱傭關係，故勞工董事兼具董事及勞工二種身分，可能導致勞工董事因不同事項，產生身分衝突，如：勞工權益與股東權益間之衝突（如年終獎金之發放），或經營者與勞工間立場之衝突（如重大勞資爭議之處理），此時勞工董事在相關事項上應否迴避？如果迴避，是否即失去設置勞工董事之目的？
