2015年5月20日北市府以未按圖施工為由，勒令遠雄大巨蛋全面停工，2016年7月21日，行政法院因大巨蛋鏽蝕等因素可能危害公共安全，准許遠雄在維護公共安全範圍內繼續進行工程，不過仍然需要提工程計畫書給北市府都發局核可後，方可動工，但是北市都發局今（22）日表示，遠雄送來的7本計畫書都沒有用印蓋章，所以全數退回，要求遠雄在23日之前補正。
台北都發局表示，8月12日時遠雄已經送來了4份計劃書，分別是「PC看台版工程計畫」、「防洪抽排水防洪計畫」、「屋頂鈦板工程計畫」和「損害維修計畫」，在16日審查結束後，北市都發局認為除了「PC看台版工程計畫」需要再多做補充說明之外，其餘3本都給予通過。
而遠雄在19日又送來3本計畫書，其中「防火披覆&防火漆（巨蛋棟+商場棟+影城棟）防災維護計畫」與「損害維修計畫」項目相同，已經通過，「PC看台版結構工程-2防災維護計畫」則是「PC看台版工程計畫」的補充資料，另1本為「巨蛋帷幕牆相關工程防災維護計畫」，為新增項目，均應於蓋章之後交由都發局進行審查。
北市都發局表示，依照法院裁定，多次邀請遠雄審查工程，而目前在遠雄所申請的28個項目中，已經會合4大技師公會進行聯合審核，同意其19項進行施作，而3本獲得核定的計畫書也已經起、承、監造人及專任工程人員用印簽證，等送交都發局確認之後就可以進場施做，但是今天都發局表示送來的7本計畫書，遠雄都沒有用印蓋章，因此全數退回。 （相關報導： 柯文哲：大巨蛋9月8日未做建照變更，還是會終止契約 ｜ 更多文章 ）
北市都發局說，遭退回的計畫書，應於23日在工地召開工地安全例行會議前補正，並且呼籲遠雄需要重視市府審查施工計畫書的重要性與必要性，如果因為不尊重市府流程，導致工程延宕或是產生工安意外，遠雄公司應負全責。
