整體而言，轉型正義主要牽涉到兩個領域，一是司法，一是歷史。換言之，除了在民主法治體制上必須處理「司法平復」及「不當黨產」的問題外，「歷史記憶」與「檔案開放」是另外兩個重點。相較起司法問題必須交由專責機構從法律專業上裁決，歷史方面的問題則牽涉到，如何透過公共參與促使公民社會展開為期更長遠的價值重建工程。如果說，轉型正義是一個邁向多元的社會透過民主方式為長久的和平共存所進行的自我啟蒙，那麼，如何避免在轉型過程中製造二度傷害、甚至留下社會內部未來難以彌補的裂痕，是需要透過好好處理過往，建構富有普世價值精神的歷史記憶框架來達成。
轉型正義不僅應該關心受難者受難的歷程；歷史記憶工作更該負起責任好好思考，如何透過歷史書寫，對極權政治所引發的「惡」進行深刻的檢視與剖析。誠如當代德國重量級的歷史學者溫可勒（Heinrich August Winkler）所指出，經過希特勒慘無人道的極權統治後，過去普魯士王室御用史家蘭克（Leopold vonRanke, 1795-1886）提倡歷史研究應該考察「實情究竟是如何？」（wie eseigentlich gewesen ist）的見解已不足用；當代史學研究更該有勇氣去探問：「為什麼事情可以被操弄到這種地步？」（warum es eigentlich so gekommenist。）
的確，表面上看起來科技突飛猛進的二十世紀，其實也是人類被不同極權主義用各種「科學」手段史無前例大迫害的世紀。波蘭當代女詩人辛波絲卡（Woslawa Szymborska, 1923-2012）就曾為二十世紀人類面臨的悲愴處境寫過一首詩〈在世紀的尾聲〉：
我們的二十世紀本來應該比以前更好現在 它已經來不及證明這一點了 它的年事已高 步履蹣跚 呼吸急促
發生了太多 本來不應該發生的事 而那些本來應該到來的 沒有到來
春天和快樂本來要和其他的事物一樣 是該更加接近的
恐懼本來應該離開山頂和峽谷 真相應該比謊言更快抵達目的地
有些不幸 本來應該不再發生 比如說戰爭饑荒 以及其他
無助之人的無助 還有信任之類的東西 本來應該受到尊重
誰想要享受這個世界 他面臨的就是一個不可能的任務
轉型正義的落實深刻連結到解開歷史迷思、撥開歷史迷霧，好好重新梳理過往。因為過去的悲劇究竟是如何發生，不是我們將檔案開放就自然而然可以「認識」得到；而是需要我們有著現代公民社會的價值覺知，才能照見轉型正義需要處理的陰鬱幽微。畢竟歷史不是被特定的人依其詮釋脈絡定義後，別人或後人就無法再擅自闖入，否則「危險自負」的禁地。越是被各種思想警察嚴嚴把關的歷史，越是在告訴我們，那個「過去」還沒有真正過去；那個「過去」所連結到的歷史迷思依舊盤旋縈繞，而且正深深地影響著我們。
