林毅夫除了相信市場，也相信政府，這也是他數十年來一以貫之的主張，也為此與中國大陸經濟學者（如北大同事張維迎）數度為經濟體制改革方向辯論。
林毅夫自己則解釋說：「讀書是去獲得一條魚還是學怎麼釣魚？如果是學怎麼釣魚，我從芝加哥那些理論大師學到如何釣魚，我在芝加哥學到很多。芝加哥強調市場，我認為需要市場也需要政府。」
談新結構經濟學∣總結開發中國家經驗，提出理論
後進國家的發展是他一直關切的核心問題──低所得國家如何擠進高所得國家？開發中國家要怎麼成為已開發國家？林毅夫反覆思考一個問題：「為什麼二次大戰後兩百多個經濟體，能夠從低收入進入高收入的只有南韓和台灣？」一九六○年有一○一個中等收入國家，到了現在，這些國家中只有十四個進入高收入國家，其中九個是西歐與石油生產國，另五個就是日本和亞洲四小龍。他想解開後進國家如何超趕成功的密訣。
他發現，發展中的經濟體要追趕上已開發國家，一定要靠政府運用產業政策，「從十六世紀英國追趕荷蘭、十九世紀德法美追趕英國，到二十世紀的日本、四小龍都如此。」他也一直強調，很多產業政策失敗是事實，但不能因此不要產業政策。「就像吃飯可能會嗆到就不要吃飯？關鍵在於怎麼提高產業政策的效率。」他舉女經濟學者馬祖卡托（Mariana Mazzucato）的《企業家型國家》（The Entrepreneurial State）為例，書中提到美國在國際上領先的產業都是政府支持研究（Ｒ）的結果，「Ｒ＆Ｄ，Ｒ就是國家要做的。」
林毅夫相信政府政策的作用，也不認為民主化、政治體制改革可以解決所有問題。「腐敗不應該容忍，收入差距擴大要解決，但這些是不是都是政治體制引起的？這是要仔細研究的。」他舉前蘇聯為例，經過市場化、民主化，但腐敗問題比中國更嚴重，經濟發展也沒有中國快速。政治民主化之後，政府對有政策性負擔的產業，例如軍工產業，還是要補貼。他認為中國國有企業的問題是出在資本太密集，不符合中國的比較利益。
「當世界銀行的首席經濟學家，最主要的工作就是幫助其他國家發展，其他國家的知識分子跟我們的心都一樣，但是他們沒有發展起來。」他認為開發中國家最吃虧的是，話語權都在發達國家手上，所以林毅夫提出「新結構經濟學」，要總結開發中國家自己的經驗，並提出理論。
林毅夫到中國大陸時正好趕上改革開放。「一九七八年改革開放，鄧小平給大陸訂的目標是二十年翻兩番，也就是平均每年要七．二％。我在北大讀書時，不相信當時中國大陸可以十年持續七．二％的成長率。」他回憶說，當時認為這只是把目標訂高一點、「取法乎上，僅得其中」的聰明做法。
