2008年11月12日，前總統陳水扁因「國務機要費案」遭特偵組收押，甫卸任就淪為階下囚，爾後陸續爆出11起涉貪弊案，至今4案判決有罪定讞，2案無罪確定。纏訟10年的陳水扁，4日首度於保外就醫期間離開高雄住家，前往台北參加凱達格蘭基金會募款餐會，讓外界關注陳水扁是否不久後能親自出庭，應訊因病裁定停審的國務機要費等5案。
回顧陳水扁自2006年遭爆國務機要費涉貪案，加上女婿趙建銘爆出「台灣土地開發公司內線交易案」（台開案），種種貪污弊案導致社會輿論不滿，2006年9月9日由民進黨前主席施明德主導的「百萬人民反貪倒扁運動」更號召萬人群眾靜坐凱道示威，執政尾聲種種「去蔣化」、「四要一沒有」、「入聯公投」行動也引發民意強烈反彈。
卸任後道歉坦承「做了法律不許可的事」
2008年陳水扁卸任後因喪失刑事豁免權，馬上被特偵組列為國務機要費案被告。在時任立委洪秀柱揭露陳水扁媳婦黃睿靚，在瑞士以其個人與公司名義所成立的4個帳戶涉嫌洗錢後，陳水扁於8月14日召開了記者會道歉，坦承「做了法律不許可的事」，其歷來的選舉剩餘款並未誠實申報，年初才知吳淑珍已匯往海外帳戶，海外洗錢案立刻引發社會譁然，隔天自行聲明退黨。
遭起訴11案 4案有罪定讞 2案無罪確定
陳水扁被偵結起訴的弊案包括國務機要費案、南港展覽館案、洗錢案、龍潭購地案、陳敏薰買官案、辜仲諒政治獻金案、侵占機密外交款案、侵占公文案、二次金改元大併復華案、國泰併世華案。其中辜仲諒政治獻金案、機密外交款案已無罪定讞。
4件有罪定讞的案件中，龍潭購地收賄案被判11年最重，元大金控併復華案判10年，陳敏薰買官收賄案判8年，龍潭購地洗錢案判2年，依貪污、洗錢等罪，判決合併執行20年徒刑，併科罰金2億5千萬元。
此外，《壹週刊》在2009年報導指出陳水扁出訪帛琉期間，疑以空軍一號專機載運現鈔4千萬美元（約新台幣14億元）存入帛琉銀行帳戶，再分批匯至美國的洗錢案，特偵組偵辦5年多後，於2014年8月因查無不法實據，予以簽結。
法官採「實質影響力」說 遭批雙重標準
扁案纏訟10年爭議不斷，以龍潭購地案為例，吳淑珍主張收到辜成允的2億元款項是對方的政治獻金，強調陳水扁並不知情，特偵組則認為陳水扁不可能不知道吳淑珍收受金錢之事。法院主張「實質影響力」說，認為總統對竹科選擇收購何處土地的決定有「影響力」，雖無明確證據，仍認定陳水扁為共犯。
除龍潭購地案外，元大併復華案一審法官也認為無任何證據可證明陳水扁知情吳淑珍收受元大政治獻金，判決無罪，但二審法官卻同樣以「實質影響力」說改判。陳水扁在陳敏薰買官案同樣也遭法官認定，一定知道吳淑珍收過陳敏薰政治獻金。但部分學界人士批評，在林益世案法官卻改以「法定職權」說，認為「只要能發揮影響力的標的事務」都為法定職權，林益世收賄向中鋼施壓不構成貪汙。
2010年11月最高法院更將「國務機要費案」、「南港展覽館案」及「海外洗錢案」等3大案發回高等法院重新審理，主要理由是「高院沒有查明以發票核銷的國務機要費是否真的流入扁家口袋」、「必須先確認海角7億是否都是犯罪所得才能論罪」，至今已進入更二審。
扁案種種程序爭議，讓部分社會輿論逐漸認定其為「政治事件」，包括當初裁決不必羈押的審判長周占春，因法院將「大案併小案」而遭撤換，蔡守訓接手後即裁決羈押，理由是為避免同一案件，前後判決不一，將後立案的卷宗將前案一併審理。此外，陳水扁在判決定讞前，自2008年起遭連續羈押700多天，林益世僅116天，遭批雙重標準。
美參議員曾提議醫療假釋
陳水扁入獄以來健康問題受到外界關注，2012年台北榮總發現陳水扁患有重度憂鬱症，以及攝護腺肥大、攝護腺發炎及泌尿道感染，導致的解尿困難及尿滯留。幾個月後，榮總經磁振造影檢查發現，陳水扁的腦部萎縮已不可逆轉，寫字、畫圖時會手抖。2013年，法務部將陳水扁轉送台中監獄附設培德醫院，繼續監禁並治療
美國聯邦參議員穆考斯基（Lisa Murkowski）2013年拜會前總統馬英九時，曾問是否有「醫療假釋」（Medical Parole）的可能，馬表示台灣並無此制度，但受刑人若在監就醫、戒護外醫或移送病監都無法適當醫治，可保外就醫，而陳水扁經由「戒護外醫」，已能得到完整之醫療照顧。
轉監培德的陳水扁病情惡化，漏尿情況日趨嚴重，甚至進台中榮總開刀治療呼吸中止症。2014年5月，時任台大醫院醫師的柯文哲表示，陳水扁已經在包尿布了，把扁關在監獄對台灣社會的和諧沒有幫助。陳水扁經歷2230天的囹圄生涯，2015年1月5日法務部核准暫時出獄，保外就醫1個月，並延長至今。
法界：特赦無法證明扁清白
據法務部調查，2015年扁案扁家人應繳交罰金及不法所得總計約11億4000多萬，其中扁家於瑞士美林銀行及蘇格蘭皇家庫斯銀行合計約2242.5萬元美金（約為新台幣7.2億元，俗稱海角7億），確定為龍潭案跟陳敏薰案洗錢部分，已全數變現約2億5000萬匯入國庫；元大併復華案的不法所得2億元，則於瑞士威格林銀行帳戶美金1700多萬元，瑞士核准返還674萬6840元。
國安會諮詢委員、清大社會所教授姚人多曾表示，沒有人可以否認阿扁為民進黨所做的一切努力，在他的領導下，民進黨爬上了前所未有的高峰；不過，也沒有人可以否認，他在8年任內的所作所為，他個人及家族驚人的財富與不當的理財方式，帶給民進黨多大的傷害。
特赦陳水扁聲浪近來日益高漲，但法界普遍認為，此舉也只能減免陳水扁的刑度，無法證明其清白，已有罪定讞的案件除非檢察總長願提非常上訴，才有機會翻盤，務實作法仍是針對停審中的5案，親自出庭爭取清白。
