追究加害者的責任與司法追訴是台灣轉型正義面臨的難題之一。台灣教授協會23日舉辦的「轉型正義與法律」學術研討會上，對於刑事追訴是否應有追訴期限，學者認為刑事追訴期限是為了避免浪費司法資源在難以蒐證的案件，但對於這些不惜動搖國本也應追究的人權侵害案件，應完全不受刑事追訴期限的限制。
林雍昇：應先確定加害人是誰
轉型正義最核心、應處理的工作為何？與會的青平台基金會研究員林雍昇，以聯合國前秘書長安南（Kofi Annan）於2004年向安全理事會提出的「衝突中及衝突後社會的轉型正義」報告為例，主張應先「確定加害人是誰」，進而能清楚「甚麼樣的行為是對或錯」。林雍昇強調，沒有加害人，談轉型正義是一種虛偽。
聯合國的轉型正義報告在1945年二戰紐倫堡大審（Nuremberg trials）後60年才提出，對於紐倫堡大審的重要意義，林雍昇指出，除了是人類史上首次對國家軍事元首進行「正當法律程序」審判，同時也是國際刑法首次以「個人」為行為主體，而不只是國與國。
彰顯「實質法治國精神」
林雍昇表示，這凸顯轉型正義須彰顯「實質法治國精神」，而非僅以「聽從上級命令」、「依照當時有效的命令」來搪塞，當時迫害人權的法律皆違背實質法治國原則。他強調，進行追究加害者的司法程序絕對能加強民主鞏固，使歷史不再重蹈覆轍。
文化大學法律系副教授鄭文中進一步指出，面對這些案件在刑事法律上是否可溯及既往，聯合國大會於1968年即通過《戰爭罪和危害人類罪不適用時效消滅公約》，明確表示這些罪行已違反最基本的人性尊嚴，對於犯行的追訴不受追訴權時效的限制。
犯行追訴應不受時效限制
對於學者質疑轉型正義中對於加害者的審判不符「罪刑法定原則」，鄭文中認為，南韓在處理「光州事件」、及德國聯邦憲法法院處理東德軍警於柏林圍牆射殺逃亡者時，也都明確表達基於國際刑法正義立場，這些都是人類不曾遇過的重大災難，已嚴重侵犯人類基本人性尊嚴，不會受程序障礙因素而免於追究。 （相關報導： 轉型正義研討會》韓國比台灣積極 捷克有《大洗滌法》德國透過教育記住歷史 ｜ 更多文章 ）
台大法律系助理教授謝煜偉提出我國現行刑法追究加害者的困境，刑法體系為避免權力者濫用，建立在追究個人責任的基礎上，對於集團責任難以追究刑責，若要另建構一套刑罰追訴集團性的犯罪加害，將破壞現行刑法體系。
