而大安大甲溪計畫的爭議就源於此，其中一個主要工程「大甲溪輸水路」，從石岡壩右岸約200公尺處新設的取水口取水，以隧道方式往西4公里穿越后里丘陵，到后里後再跟鯉魚潭淨水廠及后一、后二淨水廠銜接。
依據經濟部地調所資料顯示，新設的取水口可能鄰近車籠埔斷層地表裂跡，輸水隧道經過頂埔斷層、埤頭山斷層、三義斷層。另一項工程「鯉魚潭第二原水管輸水管線」，自鯉魚潭水庫發電取水口，以隧道方式穿越三義鄉枕頭山，這條路線也可能鄰近枕頭山斷層、屯子腳斷層。
即便知道工程有這麼多斷層風險，但水利署還是執意開發，環評期間，長期關心水資源的豐原開業醫師張豐年就提醒：「這是在太歲頭上動土」，而且他一開始就提出：「只要有聯通管線就能聯合運用，何需打隧道？」
時任水利署長的經濟部次長楊偉甫則說：「以我一個工程師的經驗，隧道施工都會先了解斷層，這個計畫也是，如果有主斷層我們會避開，但如果是地表裂縫，技術上可以克服，例如不用爆破工法，風險就可以確保。」
為了工業開發的水源，讓農業用水被剝奪
另一方面，后里農民之所以對大安大甲溪案這麼在意，緣於中科三期。后里原本是個農業之鄉，但中科三期的后里、七星兩個基地卻選在這裏開發，不但造成當地環境重大衝擊，而且突然增加的工業用水也影響農業穩定供水，現在三、四天輪灌、打折供水已經是常態，一旦大安大甲溪計畫完工後勢必多取河川水蓄存，那原來農業圳路的水一定會變少。
公館里里長馮詠淮說：「我們后里的民生用水十多年來沒人關心，中科來了就要開發新水源，為了工業用水，繼續犧牲農民。」環評過程中后里農民廖明田要求做一條專管保障內埔圳用水，但各部會推來推去沒有回應，他只好在環評會中說：「請政府不要把農民的心聲當狗吠。」
水利署則矢口否認是為了工業用水才開發，一次環評會中水局副局長江明郎(現北水局長)被逼急了只好説：「剛好這裏有中科三期，這是偶然。」
但這又何必否認，台中人口逐漸減少、耕作面積也沒有增加，供水之所以還要增加，當然是為了工業用水。如果能一開始就面對，而且積極處理農民的疑慮，大安大甲溪案又何需經過十年還動彈不得？
主動回應民意，才能創造雙贏
即便有這麼多爭議，2009年7月環評專案小組還是過了，接著到環評大會確認時，那年八八風災發生小林村不幸事件，曾文越域引水工程被質疑是可能的原因之一，同樣鑿山開隧道的大安大甲溪案也被質疑安全性，退回重審並評估最大雨量引發的山崩風險，不過隔年10月同路線環評還是通過了。
