廖明田、馮詠淮、陳欽全、許金水、王婉盈等多位后里農民提起行政訴訟，2013年7月台北高等行政法院以此案有重大影響之虞撤銷環評結論。第一時間得知官司敗訴，楊偉甫表示會配合環保署上訴來釐清爭議。
不過後來他決定放棄上訴，而且在2013年9月9日環評大會水利署主動提議讓此案進二階環評，由於當時並無前例，環評委員為此引發一番論戰，有環委說：「如果我們自己決議進二階，不是承認之前的審查錯了嗎？」
前環保署長沈世宏則打圓場：「做這個決議是因為水利署有意願進二階，至於法院提的審查問題，環保署還是會上訴，兩者並不衝突。」之後環保署還為此修正環評規定，同意開發單位可以自己決定要不要進二階。一個月之後，后二淨水場也因三義斷層穿過場址在環評會中被否決開發。
但水利署並未從這兩件事得到教訓，隔年(2014)6月在后里舉行的二階環評地方說明會中，提出的大安大甲溪方案跟過去一模一樣，當場被抗議：「上次就反對了，為什麼還要再開一次？后二淨水廠已經被否決，你都不知道水要放哪裏，說明會要拿出可行的替代方案再來開。」
當天后里各里里長都到了，一位里長現場民調：「我們都反對噢，不要做就對了，贊成的舉手？」看到現場沒人舉手，主持會議的水利署中水局副局長邱忠川當眾宣布：「好好，我會記錄下來，后里沒有人贊成。」
經過三年半，2017年2月21日水利署再度於后里舉辦說明會，這次終於回應民意，「大甲溪輸水路工程」取消隧道工程，改走大甲溪南岸，這個路線雖然比較長，但可以避開斷層風險。另外也同意給予內埔圳、后里圳明確的水權。對此馮詠淮說：「如果這兩點都能做到，我們就沒理由再反對。」
不過另一項工程「鯉魚潭第二原水管輸水管線」還是走過去的隧道工程，鯉魚潭村村長詹源添當場反對，水利署已承諾到當地開說明會。
雖然大安大甲溪案有機會再往前走，但此事經過十年，其間多項法令、情勢皆已變更，包括前年底已通過《再生水發展條例」，同樣的投資如果用來發展再生水，供給工業用水，會不會更有效率？
水利署長賴建信表示，在不興建水庫下，水資源聯合運用、跨區支援是一個重要的選項，這個案子經過十年之所以還沒放棄，就是認為有必要興建。「將一些爭議釐清後，找出一個對環境好、對水源好、人民可接受、而且工程可行的方案，我們希望創造一個圓滿的結局。」
＊作者為獨立記者
