鏈球菌本身並不可怕，可怕的是它和人體的免疫細胞互相作用後形成的免疫複合物。這些東西沉積能導致關節炎、關節痛，並呈現遊走性，位置不固定，好在不會導致關節永久變形，但是，腎臟和心臟就沒那麼幸運了。
免疫複合物容易誘發皮膚局部長出紅色皮疹，有的呈環狀，有的呈斑片狀，總而言之， 過度的免疫反應是風溼熱病患出現典型皮疹、關節痛和發熱的重要原因。
更可怕的是，免疫複合物對心臟肌肉以及瓣膜，都能構成永久的傷害，長期多次感染者， 心臟受損的機會更大，受損的程度更嚴重。到了晚期，心臟由於結構被破壞，功能受損，最終出現心臟衰竭，而心臟衰竭又導致體內液體無法回流，積累於全身各處，形成浮腫。於是，醫學界常用「舔過關節、咬住心臟」來形容此病。
另一個不可忽視的情況是，風溼熱的免疫複合物也會在腎臟聚集，有可能造成腎臟的損傷，醫學上稱之為「慢性腎小球腎炎」。這種疾病最終會使得腎臟過濾能力下降，很多應該濾出的液體和毒素無法清除，導致病人浮腫。當然，腎臟的儲備能力很強，早期的病變不會有任何不適，醫學上叫做「隱匿性」，但等病人覺察到的時候，通常已經晚了。
在莫札特時代，用藥處於比較混亂的階段，許多藥品不僅使用不規範，而且沒有實證醫學證據，大多類似於經驗性用藥，也沒有完善的化學知識做後盾，藥物毒性無法知曉。在這種情況下，很多藥物不僅無法治病，甚至會加重病情，或產生新的疾病。遺憾的是，腎臟是重要的排泄器官，毒性物質正是由此代謝，如果它們積累過多，無疑會加重腎臟的負擔，涸澤而漁的結果，必然是加速衰竭！
有人基於關節痛和皮疹，提出莫札特患有「系統性紅斑狼瘡」（systemic lupus erythematosus, SLE）的可能，從腎損害、發熱、關節痛、皮疹等角度看，不是沒有道理。不過SLE 的皮疹多長在臉上，而且男性發病相對少見，一旦患病則非常嚴重，進展很快，雖是慢性疾病，但通常拖不了太久。幼年時代即出現關節痛、皮疹的莫札特，是活不到三十多歲的。
莫札特曾使用過一種叫「托芬娜仙液」（Aqua Tofana）的藥水。這本來是十七世紀義大利北部流行的一種美白化妝水，含有亞砷酸、氧化鉛成分，據說是名為托芬娜的老太太利用火山析出的礦物調配而成。不知何故，此物後來被傳可作藥用，病患使用了它，無異於慢性中毒。除此之外，含有水銀的物質也是當時常用的藥品，這些東西無一例外都大大加重腎臟的負擔，對其他器官也有損害。
綜合分析，莫札特很有可能在反覆風溼熱的基礎上，出現風溼性心臟病以及慢性腎病， 逐漸到了衰竭的邊緣，晚年再次受到細菌的侵襲，而感染又會明顯加重心臟衰竭、腎衰竭， 導致病情急劇惡化。菌血症甚至敗血症導致高熱不退、全身休克，幾重打擊終於奪走他年輕的生命。
