1977年，因為太太經商失敗，蕭泰然全家被迫離台，到美國亞特蘭大投靠妹妹，並在當地經營藝品店維生。在旅居美國其間，蕭泰然開始整理台灣歌謠，並為其重新改編成演奏曲，如《望春風》、《台灣調》、《黃昏的故鄉》、《思想起－恆春古調》等。同時也創作台語歌謠和懷鄉歌曲，如《出外人》、《嘸通嫌台灣》、《遊子回鄉》。
1980年，蕭泰然因創作《出頭天進行曲》、《嘸通嫌台灣》等作品，被戒嚴時期的國民黨政府列入「黑名單」，直至 1995年才解除。
1986年，蕭泰然進入加州大學洛杉磯分校（UCLA）音樂研究所進修作曲碩士，1987年取得碩士學位。在其指導老師金教授（B. K. Kim）鼓勵之下，奠定以「台灣民謠的精神為主體，融入西方古典、浪漫、印象及現代音域的技巧，來培育現代的台灣新音樂」的作曲方向。
1988年至1990年期間，蕭泰然完成其三大協奏曲代表作：《D調小提琴協奏曲作品50》、《C調大提琴協奏曲作品52》、《C小調鋼琴協奏曲作品53》。
1993年時，蕭泰然開始創作紀念二二八事件的大型管弦樂曲《一九四七序曲》（1947 Overture）。其間曾因心臟大動脈血管瘤破裂而進醫院手術，一度生命垂危，後終痊癒，在1994年完成創作。
1995年，蕭泰然返台定居，陸續創作《台灣魂》、《傷痕之歌》、《玉山頌》、《啊～福爾摩沙－為殉難者的鎮魂曲》。2009年一月獲得「行政院文化獎」肯定。2010年入圍第21屆金曲獎傳統暨藝術音樂類「最佳作曲人獎」。2011年獲得第22屆金曲獎傳統暨藝術音樂類「特別貢獻獎」。
蕭泰然認為，整理先民的音樂文化資產，就好比摘草藥或蕃薯葉一般，不能連根帶葉還沾著泥土就拿來吃，一定要先作處理，「抽出好的部份，把不好的再重新改寫，只要好好的處理，就可以端得上檯面，一有機會，便可推上世界樂壇。」
主要作品：
蕭泰然作品眾多，涵蓋交響曲、協奏曲、歌劇、聖樂、鋼琴曲、小提琴曲、合唱曲、詩歌、藝術歌曲等。以下為其部分主要作品。
協奏曲：《D調小提琴協奏曲作品50》、《C調大提琴協奏曲作品52》、《C小調鋼琴協奏曲作品53》
管絃樂：《一九四七序曲》、《福爾摩沙交響曲》、《來自福爾摩沙的天使》
室內樂：《台灣原住民組曲》、《福爾摩沙》（鋼琴三重奏）
合唱曲：《玉山頌》、《台灣翠青》、《啊！福爾摩沙－為殉難者的鎮魂曲》
器樂曲：《台灣頌》、《冥想曲》、《豐收》（鋼琴四手聯彈）
