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利益衝突是擔心因為一個人的身份或關係牽涉到不同的利益或立場，致使一個人的判斷或行為可能有偏差。最常談的是財務上的利益，例如研究者測試藥物，自己又是藥廠的股東或主管，測試結果就未必客觀。

經濟日報日前報導科技部徐爵民部長說「將大幅調整現行一年約400億元科研經費分配，將著重在有助於促進社會、經濟、產業發展的科研計畫」，「台灣的科研經費運用應該要更務實，重點要放在解決與台灣社會、經濟及產業發展相關的重要問題，而非打高空，只成為紙上談兵」，「部分對於台灣不重要的研究，將不再是科技部補助的重點」，「學界未來從提出計畫申請書的第一步就要調整，先確立要為台灣解決何種問題，問題要夠重要，科技部才會給予補助，不再追求只是堆積論文數量，希望從頭改變學術界的價值觀。」「包括物聯網、水資源開發、基礎通訊技術提升、機器人產業等，都是未來科研支持方向」。他「鼓勵學者專家解決對台灣社會、經濟發展重要的問題，因為這些問題我們自己不解決，沒有別人會幫我們。」

最近一兩周，交通大學黃國華教授登在「自然奈米」國際知名期刊的文章受到質疑，已經兩度登上台灣媒體版面。這篇文章據說是做出了驚人的發現，但是國內外許多學者都提出種種挑戰與疑點，自然奈米期刊遂暫時將此文撤稿，並致函交通大學請求處理。同時，科技部也成立倫理小組進行調查。