台灣在2019年通過同性婚姻合法化，創亞洲之先，每年舉辦亞洲規模最大的同志大遊行。2023年，再通過同婚收養無血緣子女，並擴大同婚適用範圍，將香港、澳門的同性伴侶納入，只是中國大陸仍被排除在外。
台灣當局認為這是基於「國家安全」的考量，但台灣伴侶權益推動聯盟秘書長簡至潔認為，「結婚權是基本人權」，一般台灣人雖然對於北京壓迫台灣有情緒不滿，但應該分開處理。如果一般異性戀伴侶可以有機制處理和使用，同志伴侶沒有道理不能用。
對於這項敏感議題，苗博雅說，他同樣希望有朝一日台灣跟中國之間的伴侶——不管是同性伴侶還是異性伴侶——都能夠在法律上得到最公平的待遇，但「不可諱言的，我們沒有辦法忽略中國對台灣的野心與日俱增這件事情，所以任何關於中國的人口移動政策都必定會牽涉到這有沒有國安疑慮。」
「這是任何一個民族的國家都會採取的自我保護方法。」這次選舉以國防自主為主軸之一的苗博雅強調，她認為在中國沒有放棄武力併吞台灣的前提之下，台灣很難把中國比照其他國家處理。他說，若明年能前進立法院，相較於擴大兩岸同婚的適用對象，性平教育反而會是她更致力推動的議題。
「性平教育是一切社會的進步跟包容的根底，不管我們談代孕或是談跨國同婚等等，當然大家都可以談，可是如果失去了看見差異跟尊重包容的土壤，那什麼都不要談......每年為什麼要去參加同志大遊行？因為我們還是要提醒大家，社會的觀念不是你躺在那、那什麼事都不做就會改變的。」他說。
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