調查系統故障
星期天的投票原定從香港時間08:30開始，至22:30結束。但至晚間，賴以核發選票的電子選民登記冊系統故障，一些投票站宣佈暫停運作。
選舉管理委員會主席、高等法院原訟法庭法官陸啟康星期天晚間表示，當局發現電子選民登記冊系統在19:42出現故障，但暫無證據顯示系統遭受網路攻擊。
星期一早晨點票全部結束後，陸啟康法官再次會見媒體記者。他說：「這個選舉出了些事故，希望各位不要忽略今次選舉許多（公務員）同事的努力成果。」說時語帶哽咽，在其身旁的其他官員拍肩安慰。
「我是有愧的，感謝他們應付大量工作。」
因發放選票有延誤，選管會決定將投票時間延長1.5小時至星期一00:00。
從該段時間起，官方選舉網站並未按照慣例，每小時公布一次最新投票率，數據一直「定格」在19:30，而截至該時段的投票率為24.53%。
至星期一早上點票結束後，選管會公布臨時累計投票率27.54%，比去屆2019年換屆選舉低43.69個百分點。
2019年反對《逃犯條例》示威期間，民主派擴大陣營在區議會選舉中取得壓倒性勝利，引起北京強烈警惕。中國全國人大修法，廢止香港《基本法》下立法會與選舉委員會內的所有區議員席位，特區政府也先後整頓了立法會與區議會的選舉制度。
對於電子選民登記冊系統故障對投票率的影響，新民黨主席葉劉淑儀認為，即使投票時間延長也無濟於事，因為街道上深夜無人，助選團也不敢用揚聲器拉票，部份選民已不願再投票，她對事件感到極度遺憾，認為當局必須跟進。
工聯會會長吳秋北批評，系統故障對投票造成嚴重打擊，延長投票時間也難以補償選民的投票意欲。
民建聯主席陳克勤則認為，延長投票時間做法合適，若候選人認為有不公，可提出申訴和呈請。
特首李家超星期一凌晨視察其中一處投票站的點票情況後說：「這次區議會選舉其中一項重點工作，就是要確保選舉投票和點票過程能夠高效完成。這次選舉期間出現的系統故障，令這方面的工作跟我們原先預期的有落差。我對於這次系統故障高度關注。」
「當然整個選舉都很成功……我們也不應因為一個系統故障而抹煞了整個選舉——市民參與度、各方一起的組織度、每位參與人員的投入度，還有最終選出來的區議員的優質性——我們都不應該因為系統故障而忽略。」
李家超宣佈要求選管會成立專責調查小組，由政府資訊科技總監辦公室、選舉事務處資訊科小組和警察網絡安全及科技罪案調查科共同調查，在三個月內向其提交報告。
