《聯合報》日前報導去年6月23日時任行政院長蘇貞昌主持召開南海工作會議，提到美國要求國防部投資建設新型P4實驗室，秘密建立研發生物戰劑能力討論，今（12）日也公布南海工作會議的會議紀錄。對此，行政院副院長鄭文燦表示，行政院沒有開過這種會議，報導中的會議紀錄從內容看完全是捏造；行政院發言人林子倫也指出，該文件所使用字眼與行政院相關會議紀錄語法不合，若干內容有多處謬誤，造假情形可見一斑。而國防部今（12）日也表示，報導所謂的「會議紀錄」引用國防部發言使用「坦克」、「各軍總部」等軍語失當，內容拼湊且缺乏連貫性，語法類似偽造的錯假訊息、顯非事實。
行政院副院長鄭文燦今日上午出席遠雄航空自由貿易港區第二階段啟用典禮，被問及南海工作會議問題，他表示，行政院沒有開過這種會議，《聯合報》報導的會議紀錄，內容完全是捏造的；會議紀錄的內容包含標題「南海工作會議」，就不是行政院任何會議的慣用字眼，文件裡面提到「本黨」，也不是行政院會議紀錄會使用的字眼。這篇聲稱會議紀錄的文件標題不對、格式不對，用字遣詞也不對，是捏造的會議文件。
鄭文燦說，這樣具有政治動機及目的的文件，是典型的假訊息；而《聯合報》的報導，也是無中生有的一份報導。針對相關爭議，國防部已經澄清，國軍的軍醫局所做的工作是保護官兵的安全，包括生物安全，跟報導內容完全是不一樣的。
行政院發言人林子倫也發布聲明指出，報載日期當天為行政院第3808次院會時間，院長需主持院會，行政院及前院長蘇貞昌亦無報載相關會議，故不存在媒體刊登所謂的會議紀錄。媒體若有基本查證能力，便可了解行政院的會議紀錄皆載明會議時間、地點、主席、出列席人員、報告事項、綜合討論、院長提示、散會時間等格式處理。舉凡治安會報、性別平等會等會議紀錄，相關格式及內容亦可在公開網路確認。
林子倫表示，報載內容連紀錄是由何單位產出都無列明，顯為造假，該文件所使用「本黨」字眼亦與行政院相關會議紀錄語法不合，若干內容有多處謬誤，甚至明顯類似中國黨政一體思維，造假情形可見一斑。
國防部也發布聲明指出，軍醫局預醫所是以執行傳染性疾病之病原的偵檢、防護及治療任務為主；同時研發生物戰劑的偵檢試劑，以強化防衛性生物戰劑偵檢能力。另第四級實驗室則主要針對傳染性疾病之病原進行偵測、防護及治療為主，刻正規劃建置符合生物安全之研發處所。有關「美國疑敦促我研發戰劑」「由美方協助規劃審查」的傳聞均非事實。
國防部進一步指出，該報今日公布之完整「會議紀錄」，有關「國防部發言」內容更存多項謬誤，使用「坦克」、「各軍總部」、「軍火採購」等均非國軍常用軍語；國軍落實行政中立多年，普受各方肯定，更不會如同共軍般，使用「本黨」做發言詞。以此種「紀錄」做為新聞報導佐證，既不符媒體客觀公正社會期待，更戕害國軍形象，應即為更正。
林子倫表示，行政院將研議把此次相關報導內容（包括刊載媒體）完整列入識假範例當中；此外，除再次駁斥相關錯假訊息，也要求報導媒體應善盡媒體職責，立即更正錯誤內容，避免不實訊息持續傳散，造成社會恐慌。
