本土疫情升溫，國防部進行教召也出現不少確診者，但也有不少人認為，國防部的處理方式有很大瑕疵。《風傳媒》接獲多起投訴，包括有民眾參加教召後確診新冠肺炎，但是在快篩陽性後，竟然就被立即解召，在醫院做PCR篩檢時，軍方更直接「丟包」，讓民眾自行去隔離處。另有常備役反映營區內有人確診，但投訴者表示軍方隱匿相關情況，沒有確實通報。
立法院外交及國防委員會5日將邀請國防部長邱國正、內政部、教育部、經濟部、衛生福利部及國家通訊傳播委員會報告「《全民國防手冊》之編纂、內容及檢討」並備質詢，以及審查及處理院會交付111年度中央政府總預算決議，國防部主管預算凍結案等144案。1名熟知國防人士指出，相關問題都很嚴重，質詢時不論執政、在野黨立委都不會客氣，看起來會把國防部電很慘。
接受教召但確診的民眾顏辰州表示，他在憲訓中心接受教召，當時因為身體不適，但營區沒有醫官，軍方就帶他到外面轉診，後進行快篩結果呈陽性，竟要他東西直接收一收，立刻被解召，也馬上拿到解召令與薪餉，原本要送他到804醫院，但當下有2個幹部詢問，若是確診的話隔離處在哪裡？顏辰州回答在台北，軍方救護車送顏辰州到松山三總進行PCR篩檢，但在掛號時軍方人員就離開，因為等待結果要時間，顏辰州只能自行想辦法回到隔離處，「還好是在台北比較近，不然真的不知道怎麼辦。」
