台方亦延長了定居申請資格年期，港人需要在當地住滿二至五年，而非一年才可申請定居。在申報資料上，申請人以往只需填寫畢業後或最近十年的工作經歷，但現在需要填寫全面的就業經歷，特別要申報有沒有在香港政府部門工作，以及在表格上表明有沒有簽署宣誓擁護《基本法》和效忠香港政府的文件。所有申請不再單一由移民署處理，而需要經過一個包括國家安全局、陸委會在內的跨部門聯合審查。
BBC中文獲得多份港人申請居留遭拒的訴願書文件，台灣當局否決香港居民定居申請的主要原因包括：
- 出生地為中國大陸
- 香港出生，但曾任職香港政府或公營機構：例如一些申請人曾在香港反貪部門廉政公署工作，或是曾在香港政府轄下的社會福利署、衛生署等部門擔任社工或護士等專業人士，他們被視為「具有國安風險」。一些人則是因為曾經簽署宣誓效忠《基本法》而申請被拒，其中一名陳姓申請人，向當局表明自己宣誓是「非完全出於自願，因無其他收入來源，只能在不情願之情況下籤署聲明」，但這理由不獲接納。
- 香港出生，但曾任職中資公司：文件顯示，一些曾任職中國遠洋海運、中銀國際、中國銀行（香港）旗下公司的申請人定居申請被拒，台灣當局指他們「有危害國家利益、公共安全、公共秩序或從事恐怖活動之虞，不予許可申請在台居留」，即使他們辯稱並非企業高層，或是已提取所有退休金不再在香港工作，這些理由同樣不獲接納。
在社交媒體上，多名在台港人表示自己居留申請遭否決，移民計劃被打亂，他們組成了一個「在台港人入籍困境關注組」，希望爭取外界關注他們的遭遇。
關注組成員之一阿傑（化名）同樣是一名苦主，因大陸出生而被拒入籍，他對BBC中文說，受影響人數眾多，批評台灣當局所用的「國安」疑慮，是「莫須有」的罪名。
「蔡英文說過支持香港，會一起同行，很多人因為這個原因過來，但台灣政府突然轉彎，令好多人失望……這印證了一個說法，我們看政治人物不是看她說什麼，而是看她做什麼，」他說，「我覺得香港移民會有國安危險的機率相當低，對比起去了大陸投資幾十年的台商，每年成千上萬的陸配，這些不是更容易滲透嗎？我覺得這令人覺得很虛偽，好像是為了選票去說某些話。」
事實上，BBC中文獲悉一些陸生港人獲得定居許可，台灣當局並非一刀切排拒所有陸生港人。多名受訪者均表示，並不清楚當局的具體審批准則，認為當局執行上欠缺公平性和透明度。
專門協助港人移民台灣的寶島移民顧問公司負責人張湘玲對BBC中文表示，自從台灣當局加強了對香港移民的背景審查，公司早已不再協助大陸出生港人，或曾經宣誓的港人辦理移民。
