市府官員指出，柯市府處理大巨蛋案主要秉持3大方向，「社會觀感、工程完成和行政合法」，為符合「公義原則」，大巨蛋案已成廉政委員會成立後的第一案，從馬市府到郝市府招商、得標、議約、簽約和後續工程興建期間一再放寬展延過程，廉政委員會都完整調查，包括護樹志工團向市府檢舉甄審委員疑似接受遠雄邀宴，或有不明資金匯入甄審委員帳戶等，並將調查結果移送檢調進一步偵辦。
合約將回復成原版本 無法回復就補償
此外，市府也將要求遠雄正面回應監院在大巨蛋工程糾正案中提出的39項合約違失內容，市府將組成談判小組和遠雄上談判桌就合約修改、補正問題好好談談。市府官員指出，其中就可補正部分，將要求遠雄在後續執行合約上即時補正，若已執行而無法修正，將要提出遠雄提出補償或回饋計畫，雙方務必就現行興建營運契約容容好好檢討。
市府官員表示，北市府期待和遠雄在補正合約內容上達成共識，因為市府仍希望工程可以完成，但不是像現在彼此互動的方式，遠雄在施工上出現違失或延誤，市府必須給予遠雄2次改善機會，之後雙方再提出談判代表組成協調委員會來協商、協調、仲裁判定此一違失責任歸屬，究竟是市府還是遠雄，而且在整個協調委員會判定違失的過程中，遠雄可以不用停工，繼續施工，除非雙方終止合約才會停工，如此「不平等合約」，讓北市府對大巨蛋案工程毫無置喙餘地、動彈不得。
市府官員指出，實際上遠雄的展延期限已在去年底到期，目前遠雄僅口頭向北市府提出再次展延，並未正式提出書面申請，但遠雄不管市府同意展延與否仍持續施工中，甚至遠雄只是空口向市府保證會在2015年底完工，北市府和遠雄間不合等的互動方式，令柯市府強烈不滿。
市府官員進一步表示，基於善意原則，未來遠雄必須提出有效的交通疏散方案，副市長林欽榮則就大巨蛋案原本規劃的交通疏散方案，直言一旦大巨蛋完工後，就是災難的開始，因為整個大巨蛋案提出的交通散方案根本無法有效疏散人潮，大巨蛋內可容納觀眾4萬人，但其主要路面出口在西側卻全數為商場、電影院等人潮聚集的公共空間所包圍，因此根本無法疏散人潮，「遠雄必須重新提出有效的交通疏散方案，而非兩手一攤，全部推給市府去解決」。
另外，針對移樹問題，柯文哲和市府團隊討論出「綠平衡」的概念，遠雄不能只是將以樹木斷根移植的方式處理，以就地保留樹木，最少移植為原則，為確保北市府綠地空間，遠雄移走了多少樹木，就必須提出認養北市府多少綠地和種樹，該部分標準，市府將交由專業團體判斷向遠雄提出。
