兩岸針對加入區域整合的共同研究，在正式列入兩岸共識後半年多之後總算著手進行「準備工作的準備」。事實上，不僅共同研究一事進展遲滯，受反服貿學運後台灣政局變化影響，中方對兩岸關係持觀望態度，導致馬英九總統曾數度宣示全力推動的陸客中轉、貨貿協議，及兩岸互設辦事機構等進度均緩如牛步，想在最後一年多的任期內完成難度極高。
兩岸規劃在本月底之前兩岸經濟合作與台灣加入區域經濟整合的共同研究一事，進行準備工作磋商。陸委會官員提醒，這並非表示兩岸共同研究即將展開，從「說法」上就可看出雙方對此存在不小的認知差距。
馬政府勢衰 對岸相對消極
官員指出，相關部會在對民眾說明此一議題時，大多簡化稱為「兩岸對台灣加入區域整合的共同研究 」，或「兩岸合作加入區域整合的共同研究」，外界也多認為雙方討論重點是中國如何在區域整合議題上對台灣助一臂之力。
然而依照中方的說法，共同研究的課題是「兩岸經濟合作」與「台灣加入區域整合」的「銜接問題」，並不是討論如何協助台灣加入區域經濟整合，而是藉由確立「銜接」方式，來確保台灣加入區域整合議題不會溢出兩岸關係範疇。
更微妙的是，兩岸共識所指稱的階段，也從去年6月的共同研究，變為11月的「共同研究的準備工作」。官員說，光從說法上，就能感受到中方對此議題頗為消極。
貨貿談判 不歡而散
更讓府院擔心的是，已完成談判的《兩岸服貿協議》在反服貿學運後審議停擺，朝野轉向《兩岸協議監督條例》展開攻防，談判中的《兩岸貨貿協議》也因此進展緩慢。
據知情官員透露，在中韓FTA完成談判後，中方看準台灣對推動貨貿協議十分迫切，在去年12月的技術性諮商中向我方提出比照韓國的讓步要求，我方難以接受，雙方不歡而散，連第10輪工作小組會議的時程都不願協調。
去年此時行政院、交通部到海陸兩會大聲疾呼的陸客中轉議題，一年來只進行了一次工作性磋商。如今受中國劃設新航路爭議衝擊，陸客中轉磋商更因此萌生變數。
而在馬英九連任時便列為任期重大目標的兩岸兩會互設辦事機構方面，開始時面臨人道探視等人權問題，以及辦事機構人員是否享有準外館待遇等政治問題，好不容易磋商有所進展，卻因為對岸態度保守和國內政治情勢變化，兌現時間也一延再延，變得高度不確定。
