日本過去曾直接向台北表態說，對福島食品及農產品進口解禁與否是台灣申請加入CPTPP不得不面對的問題。
2018年11月，由台在野黨國民黨提案的「反核食公投」通過，該公投主要內容為在兩年內「維持禁止進口日本核災地區食品」。同年12月，時任日本外務大臣河野太郎曾表示：「因為台灣限制日本福島食品，將無法參加CPTPP, 日本亦不排除在世貿組織內提出爭端解決。」
該公投案在2020年底已屆滿，失去對台灣行政部門的強制拘束力，但蔡英文政府目前尚未有行動。
長期研究國際貿易仲裁的吳建輝向BBC解釋稱，為了與美國貿易談判，在放寬美國「萊豬」進口限制上，蔡英文強勢主導，投注了極大的政治資本； 為了加入CPTPP，在福島食物進口方面，蔡英文勢必需要面對台灣內部的政治壓力，沒有多少迴旋空間。吳建輝說，雖然他認為在法律和科學上已沒有正當理由禁止福島食品，如同「萊豬」進口，在台灣持續引發激烈對立。但他預計至少要兩年後甚至是蔡英文離任後，台灣能正式進入CPTPP。
評論家陳嘉宏撰文稱: 「台灣人不能一方面想加入CPTPP，另方面卻又製造貿易壁壘；不能每逢鳳梨、釋迦、蓮霧被中國禁了之後，就想著日本市場可以胃納，卻又抵死不肯讓福島食品進口。 台灣參與國際組織的進程早已被民粹的公投拖慢，CPTPP是最後的機會之窗。」
然而，宋文笛則說，此刻申請同時也讓蔡英文政府能製造「外部壓力」 (gaiatsu)，推動內部經濟治理的改革。 「也就是拿 CPTPP 的外部壓力當借口，要求台灣內部共度時艱」。
「一個中國」原則？
儘管美國已退出相關協定，但總部在華盛頓的美台商業協會（U.S.-Taiwan Business Council）對台灣的決定表示歡迎。
日本前首相安倍晉三以及之前參加日本自民黨總裁選舉的4名候選人都曾表示歡迎並支持台灣申請加入CPTPP。
研究中日關係多年的陳宥樺說： 「比起中國，日本比較可能會讓台灣參與CPTPP，畢竟台灣已準備多年，漁業法、農藥管理法、專利法都已針對該組織進行修改，與其他成員國完成了事先的階段性協商。至於福島食品的問題可能會留待台灣入會後，以雙邊協商來解決。」
不過，台灣的申請遭致中國嚴厲的抨擊及反對。
中國外交部發言人趙立堅記者會上稱： 「堅決反對任何國家與台灣進行官方往來，堅決反對台灣地區加入任何官方性質的協議和組織。世界上只有一個中國，台灣地區是中國不可分割的一部分。『一個中國』原則是公認的國際關係準則和國際社會普遍共識。」
北京聯合大學台灣研究院朱松嶺向港媒大公報表示，兩岸在CPTPP在博弈恐怕是美、日打台灣牌的延續； CPTPP在日本的主導之下，對中國大陸的申請很不利。美、日唆使台當局趟CPTPP的渾水，中國大陸要警惕。」
中國廈門大學台研院副院長張文生也向大公報表示說： 「CPTPP是具有官方性質的國際組織，台灣當局若想加入，首先必須符合『一個中國』原則，必須要得到中國政府的同意。」
一般來說，接納任何新成員需要該協定的11個簽署國一致同意，但其中馬來西亞以及汶萊兩國仍在CPTPP觀察會員階段，尚未有投票權。
美國華府戰略暨國際研究中心（CSIS）高級研究員波靈（Greg Poling）在推特中發文稱，汶萊跟馬來西亞是最容易受到中方施壓的國家，南美的秘魯以及智利才是將來台灣能否入群的關鍵。
陳宥樺解釋說，在美中對抗的大背景下， 日本扛起了在本質上排斥中國參與的經濟國際組織的CPTPP。「換言之，一個沒有中國的CPTPP對日本的經濟安全有著重要的戰略意義......從日本的角度來說，它可能不會偏好讓中國先參與，至少不是馬上。」
「但新成員能否參與CPTPP是由共識決定，不可能日本一國說了算，」他補充說。
