達文西的俊美男模特
作為歷史人物，沙萊和梅爾奇不但出現在達文西的筆記中，也出現在繪畫中。他們二人的共同點就是都是俊美男子。比如說，沙萊就被認為曾為「酒神」和「施洗約翰」充當模特。對於歌劇詞曲作家來說，達文西與助手的關係遠比藝術家與模特的關係更加深切和激蕩。作曲家米爾斯說：「達文西畫了好多沙萊的畫像，以至於不難得出他是畫家意中人的結論」。
「人們都認為他其實就是達文西的伴侶——因為達文西不斷送他昂貴的衣服，兩人一起旅行，不斷評論他有多俊美」。
為了彌補劇情中有關達文西私生活中的空白點，米爾斯和莫林還專門請教權威專家，並得到文藝復興專家肯普（Martin Kemp）和克萊頓（Martin Clayton）的幫助。專家們的推論都是，達文西「非常，非常，非常可能是同性戀」。
據介紹，其實達文西的性趣向問題幾個世紀以來一直是學界研究的題目之一。16世紀藝術家洛馬佐（Giovanni Paolo Lomazzo）就曾在 1560年代虛構過一段聯想達文西與古希臘雕塑家菲狄亞斯（Phidias）的對話。在對話中，菲狄亞斯質詢達文西與男模特究竟是什麼關係：「你有沒有和他一起玩過佛羅倫薩人熱衷的『後門遊戲』？」 虛構對話中的達文西則給與了積極正面的回答。不過，20世紀心理分析學大師弗洛伊德則推測認為，儘管達文西一生都有美男子陪伴左右，但他很可能還是意淫為主，沒有真正意義上的展開同性戀情。
傳記作者艾薩克森（Walter Isaacson）在有關達文西的傳記中則寫得更為隨意一些。他直接將達文西總結為「私生子、同性戀、素食者、左撇子、精神不集中，有時甚至是異端」。近年有一部由著名演員艾丹·特納（Aiden Turner）主演的電視劇，則正是把上述這種達文西的形象鮮活搬上銀屏。
英國皇家展覽品收藏托拉斯負責版畫和素描收藏的馬丁·克萊頓在歌劇構思早期就開始與米爾斯和莫林會晤。克萊頓說：「他們將梅爾奇和沙萊用正反對比方式描寫非常明智。他們的行為 —— 沙萊是黑暗、缺乏理性和原則性的一面，而梅爾奇則作為一個可靠、勤奮的一面 —— 這有利塑造一個真實的達文西形象」。
對克萊頓來說，達文西臨終前決定讓梅爾奇繼承他大部分藝術遺產——繪畫、設計和筆記等等，也證明了他覺得後者更加可靠和值得信賴。而坊間所謂沙萊最終擁有更多達文西繪畫的說法，則表明要麼是他偷的，要麼就是偽造的。莫林也表示：「他（沙萊）始終有騙子的名聲。而最後也是在一次鋌而走險的弓弩決鬥中死亡」。
雖然達文西從很多層面講都是遠遠超前於他所生活時代的人，但他與沙萊的曖昧關係在當時來說其實並非十分特別。莫林說：「成年男性和青少年之間這樣的關係實際上在達文西生活的時代相當普遍」。達文西在佛羅倫薩生活的時期，同性戀關係非常普遍，德文中Florenzer（佛羅倫薩人）一詞甚至最終成為形容同性關係的德國俚語。
儘管如此，佛羅倫薩當局為了控制同性戀行為和「維持秩序」，也督促民眾放棄這種行為。達文西23歲時就因與其他三名藝術家一起被匿名舉報參與「肛交行為」而被控有罪，儘管他最終是否因此坐牢不得為知。
有專家認為，遭遇當眾羞辱事件可能導致達文西開始變得更加隱私。以至於後人對他個人生活的了解很少。米爾斯說，從某種意義上說，這就是歌劇作為一種特別的藝術形式，能允許很多事情不用過於直白地描述也能讓人們意會的優勢。
