當時官拜陸軍少將的新竹市長涉貪，王育霖堅持說要辦案，馬上就被台北長官說「這人不要碰」，王育霖卻嗆：「要辦就辦貪官污吏啊，怎麼天天辦小偷？」儘管王育霖也知道再辦下去可能會丟飯碗，他仍覺得這是自己必須做的、當檢察官就是要對付貪官污吏，結果，就真的被迫辭職了。
教國民黨如何「法治」，寫書保護台灣人免於警察濫捕刑求
王育霖雖被迫辭職、搬往台北，但也未放棄理想，在《民報》擔任法律顧問、寫法律評論。王克雄說，父親甚至寫過一篇「何謂法治國」的社論，這段他自己看了都驚嚇：「你想想，那時候國民黨是怎樣？他要教國民黨怎麼做『法治』？他也是很天真啦，也認為這才是對的方向……」
當國民黨政府來台，台灣面臨人權低落、軍警亂抓人亂打人的狀況，王育霖也寫了本書叫《提審法解說》教台灣人法學常識，說如果被警察逮捕可以請法院發提審單，經法官審問若無重大情節就可以交保或放走、就不會變成被警察毆打刑求；那時的台灣司法也非常混亂，一些官員都來指點法官該怎麼判，於是王育霖又想可以開個「司法會議」來檢討種種問題，於1946年12月在台北召開全國性的司改革會議。
召開全台司改會議，「台灣司法改革先鋒」卻成政府眼中釘
「我爸爸73年前就已開始在做司法改革的要求，可以說他是台灣司法改革的先鋒──但當然，這樣子的話，他也變成國民黨的眼中釘……」王克雄嘆。
王克雄說，1945年國民黨政府來台開始，政治混亂、人民失業、物價飛漲，在二二八爆發前光是米便漲了4.8倍、白糖漲22倍，也有許多台灣人餓死，而當1947年2月27日賣菸婦人林江邁遭警察槍托打傷，民怨就此爆發──人民群聚到當時台灣省行政長官公署請願討公道，未料高樓架起機槍打死好幾個民眾，引爆全台灣抗議，這便是二二八事件導火線。而後時任台灣省行政長官公署長官陳儀請示蔣介石，得到「格殺勿論」回應與同意派兵，國民黨軍隊便從基隆一路殺到台北，那時基隆港海水是紅色的，一大堆屍體。
有台灣人選擇反抗，例如台南成功大學、台南一中二中、長榮中學便有學生支援民兵攻打嘉義水上機場，學生同時也組成治安隊維持秩序，台南律師湯德章便為了掩護學生、燒毀名單、打死不供而遭逮捕槍決。在此同時，中國國民黨台灣省黨部也將台灣動亂歸因於台籍菁英，認為必須在這時處理有領導能力的人，便要求幾位「半山」（從中國返台的台灣人）如林頂立、黃朝琴、劉啓光等人提報名單，列出「對台灣有能力的、教育好的、有影響群眾力量的」交由政府逮捕，而3月10日開始，警備總部果然開始抓人了。
