在林欽榮的人事發佈後，不少公民團體公開質疑林欽榮過去在營建署、台南市府任內璞玉計畫、鐵路地下化東移等案的立場。據了解，柯在人事發佈後，也在周一的「軍委會」會議上，再請教與會者的意見，不過，多位和林共事過的綠營人士，都盛讚林的操守、能力，也說明類似璞玉計畫，並非林可主導，柯最後沒因外界質疑改變決定。
I-Voting難度高環保局長人選遭打槍
柯文哲訴求「開放政府」，首長都用公開機制徵才，除了衛生局長由柯文哲自己主導外，遴選委員會產生的人選，最後還是要經「軍委會」討論，可能人選要宛如論文口試般，接受「軍委會」成員提問。目前，原民處、兵役處人事都已確認，將伺機再發佈。
不過，柯營選前便公開的人選產生機制看似理想，但實務運作並非沒出狀況，除了目前不少人公開質疑的勞工局長I-Voting機制外，難度理應不大的環保局長人選，卻因某大老堅持1位推薦人選─昔日在民進黨內爭議頗大的前市議員廖彬良，廖的人事送到「軍委會」，就被幾位綠營中人激烈反對，場面還頗尷尬，廖最後被打槍，環保局長人事，也因另位推薦人選被認為份量不夠，目前又重新覓才。
柯文哲先前曾說，競選團隊不是執政團隊，姚立明、林錦昌參加2次「軍委會」會議後，就不再出現在柯辦，倒是先前黨內外認為副市長呼聲很高的李應元，還是積極投入「軍委會」，積極協助柯，對李的付出，柯營內也頗感佩，但幾位指標人物外，還是有幾位競選要角，可望未來到市府繼續襄助柯，如媒體記者出身、兩屆議員資歷的簡余晏，掌觀光傳播局呼聲高，幾位幕僚，也可望入市府。
