經過白天近8小時的政黨協商後，台北市議會於9日晚間進行市長柯文哲第二個預算會期的爭議項目表決，就第二預備金、南港機廠終約後的購地案、萬大第一果菜市場及漁類批發市場改建工程，進行議員記名公開表決。表決結果，柯文哲獲得與去年相同的12.5億二備金，取得南港機廠終約後購地案6.44億元，另外，萬大第一果菜市場及漁類批發市場改建工程則須符合「但書」，才能動支140億改建費。
針對備受注目的「第二預備金」，國民黨原支持8億元，後修正為9.5億，民進黨團則支持12.5億元，晚間經過表決後，新黨議員潘懷宗、無黨籍林瑞圖意外倒戈支持柯文哲，在民進黨議員周柏雅棄權的情況下，通過12.5億元，柯文哲第二度獲得史上最高第二預備金。不過，今日在政黨協商時各方有討論到，是否未來能夠就二備金有一制度化的固定金額，以免年年成為攻防焦點。
「南港機廠案」則包括市府與日勝生公司終止契約後，需付給日勝生前期工程及開發規劃費2.44億元，以及市府選擇不再採取「聯合開發」的方式，而需向七星農田水利會購地自建的價構款4.66億。國民黨籍書記長王欣儀表示，2.44億市府提案已在委員會中被否決通過，無法賠負日勝生，就算編列4.66億元重新購地款也尚無法行動，不過，綠營堅持要到大會表決，表決通過後給予柯市府4.66億購地款。
果菜市場改建 柯文哲取得人事主導權後才能動支經費
市議會財政建設委員會在審「萬大第一果菜市場及漁類批發市場改建工程案」時，爐列一「但書」，指出「果菜批發市場之土地為市府所有，所有興建工程亦由市府出資，本預算在官股取得受委託經營公司人士主導權之前，不得動支」，即要求柯在取得人事主導權後，才能動用140億的改建費。國民黨團認為，此舉相當於用政治人事干擾預算執行，「用預算行使報復行為」，主張刪除此但書，然而今天表決結果仍保留此但書，可視為民進黨以此施壓柯市府，需在台北農產運銷公司人事爭奪案上加把勁的示警。
而柯文哲為了打擊「五大案」而設在政風處下的「廉政透明委員會」，本會期市府編列行政費用69萬元，國民黨團屬意全數刪除，進入政黨協商時，也遭全數刪除，算是柯文哲在本預算會期中的一大挫折。柯文哲的廉委會形同運作2年就走入歷史，除非柯讓廉政委員都無出席費可領。
至於雙子星C1D1開發前市府委託4000萬的專案顧問服務費用，以附帶決議決議，由未來的投資人負擔起4000萬，且由捷運局主責招商作業，並成立廉政平台，請政風機制參與投標作業中，避免弊案發生，4000萬因此全數額通過審查。
至於從中央到地方都注目的「立法院換地案」，雖然柯文哲一再請託議員幫忙通過此市府提案，綠黨團書記長梁文傑也積極奔走，甚至2度動員議員出席支持，最終在議長吳碧珠的意思下，決議不在此會期處理。
