「我們現在就是一切都討好選民」，講到國家疫苗基金，身為預防接種諮詢小組召集人的台大小兒感染科醫師李秉穎以這句話開場，道盡了專業的無奈和不滿。李秉穎說，為了能引進民間善款、讓企業界能有管道共同挹注國家疫苗支出，二○一○年時為疾管局的疾管署成立疫苗基金，但當年立意良善的制度設計，十年運作下來卻變成公務預算逃避責任的出口，更何況每年動輒三十六億元支出規模的疫苗基金，至今只收過王詹樣基金會一八○二萬元的捐款。
李秉穎指出，疫苗基金設立初期原本規劃財源四六％為公務預算、五三％來自菸品健康捐，但近年來的情況卻是公務預算金額原地踏步，佔比降至三分之一，而菸捐則金額、佔比逐年攀高達每年二十億元、超過三分之二的失衡情況，根據疾管署二○二○年疫苗基金預算書，截至明年底基金賸餘僅九三八七萬元，疫苗基金見底、公務預算無著，也難怪會被外界譏為衛福部難道要靠「抽菸救疫苗」。
政策買票！疫苗財務困境 行政院為始作俑者
長年參與國家疫苗政策的李秉穎，談起疫苗基金就「爆氣」，直言「大家都等著下一任，這一任撐到不破產就好了」，政客來來去去、但全民健康和公共衛生「沒有任期」，而且疫苗不只是只維持過去的施打，每年因應國際防疫趨勢還會逐步引進新的疫苗，但行政院的決策高層對疫苗接種不重視，即使衛生福利部長陳時中也無力影響財源分配？
而讓李秉穎最不滿的是，「行政院有一些小金庫的私房錢自己在用，可是卻不願意用在預防接種，政府不是沒錢，是不願意」、「什麼夜市補助券的，看了就討厭」，李秉穎直言：「夜市券會換多少選票我不相信」，台灣的民情是短期給錢、他不會感激，但是短期已經給錢了、之後不給就會有感，李秉穎認為政治人物不應該輕率地去碰那些「有的沒的」，而是做值得投資的事，疫苗事關健康跟生命，也許短期不會反應在選票上，但卻是為政者的良心之所在。但李秉穎也坦言民眾缺乏疫苗的認知也是一大隱憂，更是國家疫苗基金缺錢的關鍵，唯有民意形成共識、造成壓力，政府才會正視問題的嚴重性。
也是預防接種諮詢小組成員的台大公衛學院副院長陳秀熙毫不諱言地說我們的疫苗預算沒有隨著社會進步、經濟產值的增加而跟著平行發展，疫苗是經濟學中「外部效益」最大的，但台灣非健康官員對這一塊並不了解，「衛福部一直都很吃虧」，身為公衛學者的他甚至說出「我自己也覺得很 guilty（愧疚）」這樣的話，陳秀熙認為，台灣應該向OECD（經濟合作暨發展組織）國家看齊，OECD追求什麼疫苗，台灣就應該訂為目標，否則有什麼立場年年在WHA（世界衛生大會）倡議台灣的公衛成就，但回過頭卻只肯編列微薄的預算投資全民打疫苗，卻還振振有詞自認是模範生應該加入WHO（世界衛生組織）。 （相關報導： 新新聞》政府大推選舉疫苗，財源卻已見底 ｜ 更多文章 ）
二○一○年擔任疾管局局長時設立疫苗基金、目前為陽明大學校長的郭旭崧，則提出不同角度的建言，他認為「疫苗預算應該全部回歸到全民健保」，既然叫做「全民健保」就是保障健康、並不只是醫療保險，不然就應該改叫「全民醫保」，但醫界非常反對，認為疾管署想把手伸到全民健保裡去，甚至說「因為疫苗太重要了，所以用疫苗去爭取預算比較容易，你們不要把它放到我全民健保裡」。
