隨著案情燒向總統府，「私菸案」三個字宛若「佛地魔」，檢察和調查高層都絕口不提，獨留北檢單兵作戰。據悉，當初調查局長呂文忠只呈報給法務部長蔡清祥，法務部三位次長事前都不知道有這個案子，連負責業務督導的政務次長蔡碧仲事後也沒收到通報。
此案爆發後，呂文忠行事更低調，面對媒體詢問也只回應「偵查不公開」；他的直屬長官蔡清祥被記者問到什麼時候知道這個案子？回答得更是巧妙，強調「自己並非在狀況外」。而蔡之後在法務部主持舉行部務會報時，檢察總長江惠民、高檢署檢察長王添盛、呂文忠、邢泰釗等檢調相關高層都與會排排坐，但會議上蔡清祥也未提此案，事後也沒跟呂或邢說話。有趣的是，呂文忠和邢泰釗儘管是同學，但雙方也挺有默契地不交談。呂在會後還去找法務部舊屬敘舊，在場的人也不敢提起敏感的「私菸案」三個字。
隔天媒體爆出調查局副局長林玲蘭在總統專機落地前夕，曾在機場貴賓室知會國安局長彭勝竹此事。檢察界人士說，呂文忠欽點林通報國安局，顯然是信任她的保密能力。林玲蘭的前一個職務是經濟犯罪防制處長，當年她籌畫成立的企業肅貪科參與這次私菸專案，這或許也可以解謎，當初為什麼是肅貪科長林維成銜命跟北檢溝通了。
蔡清祥：我並非在狀況外
林玲蘭被爆出知會國安局後，《新新聞》二度追問蔡清祥何時知道此事，蔡反覆強調：「什麼時間不重要，我並非在狀況外。」幾天後，蔡清祥在廉政署政風人員交接典禮接受媒體聯訪，第三度被問到這件事，終於換了個說法：「我是在適當時間知道的。」他的說法也讓這個問題至今沒有答案。
