「如果司法在威權統治體制下是獨立的，怎麼可能把國家透過軍情警構築的事實照單全收？怎麼輕易不過問國家不法侵害人權的行為？於是我們認為這案件必須被撤銷，也要了解我們司法系統是否也參與了威權統治的機制、進行貢獻、成為是其中協力的一員。」徐偉群說。而縱覽整個體制之惡，葉虹靈也認為未來推動轉型正義教育相當重要，必須讓台灣人定下核心價值：「國家不能以緊急安全為由逾越憲法紅線，這是我們要一代代傳下去的價值觀。」
「未來無論政權怎麼轉換，台灣人民都要捍衛民主價值…」
關於該如何處理體制中的「加害者」，促轉委員陳雨凡說，《促轉條例》有明文規範促轉會應處理對「加害者」究責，也因此，促轉會在任務總結報告也會提出對《促轉條例全文》修正草案的建議，以專章處理加害者識別、調查、責任追究。就目前促轉會構想，「加害者專章」草案會先定義誰是加害行為人、讓未來主管機關有機會去識別出來，「我們以加害者『行為』來認定，不會只因為他在威權時期有公務員或政黨身份就被指認為加害者。」
至於認定標準，加害人行為必須有主觀維護威權統治的意圖、故意且自願實施，每一種行為樣態的建議處置也不一樣，如果加害行為是殺人、酷刑或非人道待遇，促轉會建議取消「追訴權」時效限制、讓被害人也可以依相規法規提刑事告訴──陳雨凡說，取消「追訴權」並非台灣獨創、國際法規早有先例，問題是如今連加害者都過世許多了，很難真的去追訴，所以歷史評價也是必要的，揭露加害人也是一種處置；處置方面也加入「主動陳報」機制，如果加害人願意主動說明當年發生什麼事，經調查屬實可免除刑事與行政責任，「但揭露仍是要做的。」
「加害者」不只行為當事人，經促轉會民調，大部份民眾都認為高層決策者與執行者兩種人都該被究責，72.1%民眾認為下指令長官該被究責、64.9%認為做成違反判決法官應被究責、高比例也認為領津貼密告的線民該被究責。
所謂平反不只加害者究責，被害者的平復也是一大要務，也因此促轉會持續撤銷過往不法判決，520農運捲入妨害公務的邱煌生便說：「當時政府給我們陷害，而我們這些受害者很多也過世了，我們要求政府不行只有平反我一個，所有受害者通通要平反。」然而陳雨凡也說，當事人心情低落、覺得國家對不起他等創傷，不是單純撤銷罪名就會平復，也因此必須有下一步，是政治暴力創傷療癒。
例如阿美族政治受難者黃勳東，雖然其判決已被促轉會公告撤銷，黃勳東一直沒有收到他的平反──促轉會員王增勇說，黃勳東當年從監獄被釋放後就被不斷約談、被迫離開部落一再搬家，不只收不到撤銷通知，黃東勳也在病床上說部落還是認為他是犯錯的人、家人沒原諒他、他不敢回家。雖然黃勳東最後癌逝來不及回家，王增勇說，促轉會還是覺得必須讓部落的人知道發生什麼事，因此在部落述說這些故事、讓部落的人知道這些人真的沒做錯事，「我們覺得這就是促轉會要做的事，把他們斷裂的關係連起來。」
