這種計算方式有三大應用上的問題：
（一）公司必須要有營收或甚至正向的EBITDA，而且最好是多年，單一一年的資料雜訊太大。新創通常很少符合這種條件，導致套用倍率進行估值的困難。
（二）根據金融理論，高成長率的公司會比低成長率的公司有高很多的估值倍率，上市公司的成長往往遠不如新創，因此使用上市公司的倍率來套用在營收和EBITDA高速成長的新創身上時，是低估其估值的。
（三）真正破壞式創新的新創，通常沒有前例而且會獨佔其創造出來的市場，沒有多少已經存在的「同業公司」可以比較。比方說：谷歌之前無谷歌，谷歌之後也僅僅有谷歌，同樣的話也適用於亞馬遜、臉書等。不過，如果手上有這種真的破壞式創新的新創，大概會不斷出現新的募資輪和新的股價，也不太需要費神去做同業他社比較分析。
選擇權定價模型（Option Pricing Model）
這是所有其實對金融沒興趣的金融系學生的夢靨。風險資本家手上持有的優先股因為有優先清償權，可以視為一種附有賣權的普通股權，因此各輪優先清償權相對於彼此的價值，以及他們相對於普通股的價值，可以用選擇權定價模式來分析其真正價值。
選擇權定價大多是根據得到諾貝爾獎的布雷克——修斯模型（Black–Scholes），這個模型光推導證明就要花上三天，就算不證明，要應用也不是那麼直接，因為輸入變數所需的股價波動率（volatility）非常難以估計，偏偏用這個模型推導出來的資產價值又高度取決於股價波動率，隨便改變一下輸入，股價就會出現天大差別。
儘管如此，大型基金還是得針對手上大量持股的大型新創提供給自己的投資人各種合理估值，所以多半使用第三方商業軟體來計算選擇權定價。
看了上面兩種額外的估值方式，讀者應該會注意到一個共同的問題：不管是哪一種方法，根據輸入變數（input variables）選擇的不同，結果都會天差地遠。換句話說，拿這些結果去跟別的基金比較說：「喔！XXX基金的回報只有27%，遜於對手的OOO基金的32%」這完全是沒有意義的事情。
風險資本基金的成效比較還有一個更大的問題：通常等到一個基金退出時，該基金所投資的破壞式創新浪潮已經結束，該浪潮已經成熟，新的浪潮已經掀起。因此比較該基金和同檔期（十年前）成立的基金的表現，並無法讓LP做出基金投資選擇的判斷，因為在那個浪潮中成功建立交易流且眼光獨到的管理合夥人，未必能在下一個浪潮重複同樣的功績。
換句話說，分析風險資本基金的成效基本上是在有資料的狀況下非做不可的，但卻無法拿來當作選擇基金的唯一理由。
