對於侯友宜談到的非核議題，並呼籲4個縣市共同反核廢料運回位在新北的核一核二廠，現場的氛圍形同讓柯文哲夾在藍營侯友宜跟綠營小英政府中間，不過，柯文哲對此回應巧妙，他說，蘭嶼裝滿了核廢料，核一二也裝滿了，如果繼續運轉現在要送到哪裡去，也沒有人去講。他說，決策錯誤比貪污更嚴重，核四的興建就是如此，他進一步解釋，核四已經花了3000億蓋，後續封存1年還要花上幾十億，他指出，核電是中央地方要嚴肅面對的，也許下一次的首都論壇該針對核電廠，由中央與地方4縣市溝通。
柯文哲表示，他反台灣用核電，他本人在美國明尼蘇達州時，該州也有核電，但是在遠離人口的區設置核電廠，他說，台灣太小，如果是中國一般的大國，可以藏在西藏或沙漠等人少區，他強調，核電是新政府必須作了結的題目，「核能問題不談，就看不到，但只要一談，就有很多問題」。
若廢核「百姓心理要有數」 柯：電價不可能那麼便宜
「核電問題不是北北基桃的問題，是國家整體的問題，核電不用，替代能源是什麼也是國家的困難題目，支持中央地方合作的態度」，柯文哲也表示，廢核前的替代能源也是需要思考的，北市府積極發展再生能源，像是焚化爐燒垃圾發電，山豬窟沼氣發電，福德坑太陽能板發電等，但仍只佔全市的3%發電，「提早退役或不發展核能，我同意，但老百姓心理要有數，電價不可以那麼便宜」。
