利用事件整肅全軍
值得注意的是，此一期間，毛澤東離開了北京神秘出避華北、中南和華東地區，前後達兩個多月，毛這次南巡時，北京發生了紅衛兵掀鬥周恩來的事件。當時毛澤東、林彪均不在北京，對周恩來而言，是他在「文化大革命」中「最危險的時刻」。那時候，周在人民大會堂的辦公室内，有兩天兩夜的時間，遭到五十萬名極左派紅衛兵的圍困。
筆者認為，毛澤東南逃期間，紅衛兵在北京揪鬥周恩來未果，而促成了毛、周間的暫時妥協，並於九月五日通令全軍，授權共軍可以「進行自衛反擊」，這就是著名的「九五命令」。
的確，在當時的情況下，毛澤東似乎別無選擇。毛澤東南逃期間，地方軍區軍政首長的報告及毛本人親自視察的印象，毛亦知局勢的嚴重性，若再縱容「中央文革小組」支持的造反派紅衛兵衝擊各地軍隊，難保「武漢兵變」式的事件不會再重演。此外，極左派紅衛兵圍擾周恩來，也促使由中央到地方的實力軍人產生敵愾同仇的心理，而倒向周恩來，並且支持周恩來。毛澤東在權衡利害後，決定與周恩來暫時妥協，也就是向軍方讓步。
毛澤東結束南巡之行後返回北京不久，中共中央發出了「關於學習毛主席視察華北、中南和華東地區時的重要指示的通知」，在這份通知中毛指示說：「紅衛兵能掛帥嗎？今天上台，明天就會被打倒，正因為是他們政治上不成熟。……紅衛兵不行，沒有經過鍛練，這樣大的事情信不過他們。」毛的這一講話等於將這批「革走資派的命有功」的「革命小將」一下子打入冷宮，而淪為兔死狗烹的下場。
此外更重要的是，毛澤東否定了……「揪軍内一小撮」的口號，毛說：「不要把我們軍隊搞亂了，解放軍内部有問題可以一個省一個省的來談判。不要把黨内一小撮走資派和軍内一小撮走資派並提，只提黨内一小撮，把解放軍搞好。」由「九、五命令」到取消「揪軍内一小撮」的行動，毛澤東不僅暫時穩住了槍桿子，安撫了實力軍人的不滿情緒，而且也緩和了全面内戰的危機。
軍方勢力全面膨脹
「九、五命令」頒布後，地方軍區等於獲得授權，可以武力鎮壓造反派紅衛兵的盲動，軍方乃趁機鎮壓敵對派系，強制解散紅衛兵組織，大批大批紅衛兵均遭到下放農村的命運，當紅衛兵運動煙煙消雲散之際，軍方也成為由地方到中央最具實力的當權派。自軍方執行「三支兩軍」任務以來，全中國大陸此後也進入到軍事管制時期。
無可置疑地，「武漢兵變」可以說是「文革」的轉捩點，導致了軍方勢力在大陸的抬頭，結果軍方的角色全面擴張膨脹，而形成一權獨大的強勢地位，最後終於演成「林彪事件」。雖然中共軍内一向山頭林立、派系複雜，但是自「文革」以來，軍方無疑已形成一種特殊的壓力團體，而具有左右大局的影響力。不論是當權者或者是奪權者，均必須拉攏軍方，以便掌握槍桿子，而立於不敗之地。
