水利署近年積極進行台南市三爺溪排水整治工程、曾文溪排水十二佃疏洪箱涵以及黃金海岸養灘工程等工程。第六河川局透過與台南市政府施工團隊合作之努力付出，工程均提前完工，杜蘇芮颱風期間發揮功效，順利通過第一關考驗。
臺南市累積雨量均逾100毫米，僅部分因颱風暴潮導致海水倒灌
水利署第六河川局副局長郭建宏表示，此次颱風豪雨期間，臺南市地區累積雨量均逾100毫米，僅部分因颱風暴潮導致海水倒灌，排水宣洩不及造成道路積水情形。該局刻正辦理-「曾文溪排水十二佃疏洪箱涵工程」，工程雖未完工，仍趕在,此次颱風期間部分啟用，十二佃社區內截至目前排水狀況良好，水位亦無壅高情況，以往易淹水的安南區曾文溪排水沿岸無積淹水情況發生。
此外，三爺溪排水全線已完成整治，打通瓶頸段使河道暢通，本次颱風順利排洪，顯見治理工程確實發揮效用。此外，本次颱風浪高超過巨浪警戒，六河局即刻派員巡檢以往曾有破壞紀錄之黃金海岸，並無發現海堤破壞及海岸侵蝕情況。
郭建宏強調，近年積極投入轄區內的防洪及海岸防護工程，藉由本次颱風事件，可初步顯示治理成效。面對後續可能發生之颱風豪雨，第六河川局將持續與轄區相關單位攜手合作，積極面對防汛挑戰，以發揮最大防災功效，共同守護家園。
