如前所述，1946年國民黨中央已經知道臺灣施政有嚴重的問題，卻遲遲沒有追究責任或進行改革。而二二八事件發生前，國民黨中央和蔣介石也充分掌握問題，俞濟時指出事發前有六項重要的資訊已經回報中央：一、臺閩人士反對陳儀擔任臺灣長官。二、臺胞對臺灣省行政長官公署措施，自去年初由熱衷轉為失望。三、臺政大權集長官一人，缺少臺人參政機會。四、官吏傲慢、貪婪舞弊、以及接收紊亂，排臺重日。五、專賣局、貿易局與民爭利，人民無謀生餘地。六、臺幣價格低落米價飛漲，產業停頓失業普遍，幫會盛行治安可虞。可是中央並沒有強力督促陳儀改善，或是調整政府的政策。
事件發生後，經過官民折衝，秩序已經漸次恢復，除了嘉義等少數地區外，也沒有武裝的抵抗。結果在「台北市秩序恢復，商店開市，交通正常，國校學生恢復上課」的3月5日，蔣介石偏聽陳儀及情治單位的報告，不顧勸阻，派兵來台鎮壓，事後還宣稱是臺灣菁英提出過份的改革要求，可是處理委員會當時根本還沒有提出改革建議。縱使事後提出改革建議，不僅陳儀沒有接受，各方也紛紛表態向中央輸誠，仍然遭到鎮壓。
不錯，蔣介石曾經下令「嚴禁軍政人員施行報復，否則以抗令論罪」，可是命令下達之後，根據目前已經出土的官方檔案，對臺灣菁英的逮捕才全面性的展開。其中有不少逮捕或是不經審判即非法處決的案件，都曾經上報中央。連楊亮功在臺灣試圖拯救他認為無辜的數位台籍菁英，都全然束手無策，陳儀且拒絕提供逮捕、處決名冊給他。
就此而言，蔣介石前述的命令，根本沒有效果，只是具文而已。而且在政府控制局勢之後，不經審判，處決嫌疑犯，根本就是完全違法之舉。事後，蔣介石不僅沒有追究相關官員的責任，連丘念台建議不宜在臺灣直接調升相關官員的職位，也為被蔣介石採納。
最後，當時少數沒有被逕自行刑的案件，在參謀總長陳誠提出送交軍法審判是違法行為的報告，蔣介石也依然故我，不願改變。
而在國民黨方面，當時在一黨訓政體制下，根據法體制和實際運作，國民政府各機關必須對國民黨中央負責。可是，直到目前司法機關的判決是以現狀下國民黨是普通政黨來判決，而沒有根據當時的「訓政時期約法」及「國民政府組織法」，來檢討國民黨在二二八事件中的責任。
當然，在二二八史料持續出土的狀況下，責任的探究，仍有繼續進行的必要。最早中央研究院近史所將進行行政院二二八事件調查報告的檔案、史料，出了六大冊的史料集，臺灣文獻委員會和國史館也出版了相關的史料集。2000年政黨輪替後，經過廣泛的史料蒐集工作，國史館跟二二八基金會在前國史館館長張炎憲的推動下，前後出了18本彙編。理論上，經過好幾波的史料徵集，應該是蒐集得差不多了。結果不是，今年國史館又重新蒐集出版了八本（含臺灣文獻館兩本）。而中央研究院台灣史研究和二二八基金會，針對台史所蒐集的保密局檔案，去年到今年預計可以出版五本。以二二八基金會到後期的賠償作業為例，最多的是彰化縣，這是因為彰化縣事後監視二二八人士相關警察的文獻出土了，那是不是要問那其他縣市的呢？是不是也應該有或還沒有找到。
